
Historie kostela Nejsvětější Trojice je spojena s historii hřbitova, v jehož sousedství se nachází. Hřbitov byl založen původně jako morový hřbitov při epidemii roku 1680. Založil jej při morovém lazaretu ve dvorci Dolní Košíře malostranský Vlašský špitál. Nemocné tehdy ošetřoval pražští jezuité a nikdo z ošetřovatelů tuto epidemii nepřežil... Z doby založení hřbitova pocházela morová kaple sv. Rocha, zbořená při druhém rozšíření Plzeňské třídy v roce 1951. Hřbitov byl v 18. století používán i při dalších morových epidemiích. Za moru roku 1713 na něm byla zřízena hřbitovní kaple Nejsvětější Trojice. Na konci 18. století začal být hřbitov používán k běžnému pohřbívání obyvatel Malé Strany, Smíchova a Hradčan.V letech 1831–37 byla kaple přestavěna "Malostranským bratrstvem lásky k bližnímu" a zásluhou pasovského biskupa Leopolda hraběte Thun-Hohensteina (který je na hřbitově pohřben) na kostel. Hřbitov byl používán do roku1884.