Přípravy stavby zahájeny roku 1665, dokončen až roku 1702. Stavbu provázely sousedské spory s knížetem Lobkovicem a spory o autorství projektu. Přesto je jednou z nejzajímavějších staveb postavených v Praze na přelomu 17. a 18. stol.
V souvislosti s kostelem je velmi často zmiňována podobnost jeho průčelí, které výrazně ustupuje za uliční čáru, s jihonizozemskými kostely jezuitů. Oválná dispozice lodi je charakteristická pro karmelitánské stavby. Zajímavě je řešeno i prosvětlení kostela. Zařízení je jedno z nejkvalitnějších té doby, sochy od M. V. Jäckla a obrazy od P. J. Brandla.
L.P. (Vlček P., Sommer P., Foltýn D.: Encyklopedie českých klášterů, Libri, 2002), 4.5. 2007
Kostel sv. Josefa byl součástí konventu anglických panen (dříve karmel bosých karmelitánek.). Stavbu kostela však od začátku provázely nesnáze. Původní místo pro kostel bylo vybráno již roku 1665 a roku 1673 za účasti císaře Leopolda I. byl položen základní kámen. Práce na základech kostela však začaly až v letech 1681-1682. V té době však vznikl spor s majitelem sousedního pozemku, kterým byl kníže Lobkovic. Na základě jeho stížnosti císař nechal stavbu zastavit. Spory jsou i o autorství projektu a ani dnes to není zcela jasné. Stavba byla nakonec znovu zahájena roku 1689 dokončena 1692 a včetně vnitřního zařízení byl kostel dokončen až roku 1702.
L.P. (Vlček P., Sommer P., Foltýn D.: Encyklopedie českých klášterů, Libri, 2002), 4.5. 2007