
Na Křížovnickém náměstí u Karlova mostu stojí (na místě starého kostela sv. Ducha z druhé poloviny XIII. století) centrální stavba s velkou kopulí. Stavba byla dokončena koncem XVII. století.
Základní kámen novostavba kostela byl položen 21. 5. 1252, dokončeného v pozoruhodné formě extrémně krátkého trojlodí až za vlády Václava II. Přestavby areálu jsou doloženy po požáru roku 1378 až do vypuknutí husitských bouří. Křižovníci během nich svůj pražský klášter zřejmě nikdy zcela neopustili, ale jeho stav se kvůli nedostatku prostředků zhoršoval. Až roku 1526 byl za velmistra Václava z Hradešína postaven na nábřeží nový špitál. Konvent i kostel byly poškozeny za neúspěšného švédského dobývání Starého Města roku 1648. Po uklidnění poválečné situace a hospodářské konsolidaci řádu začala proto rozsáhlá barokní přestavba celého areálu: roku 1663 bylo dokončeno křídlo do Křižovnické ulice, roku 1688 byl po devítileté výstavbě vysvěcen nový klášterní kostel. Projekt na jeho výstavbu vypracoval Jean Baptiste Mathey. Chrám je první velkou barokní centrálou v českých zemích. Prvenství mu patří i v užití oválné kopule na vysokém tamburu. Pozoruhodností je zachování podstatných částí gotického kostela pod novou svatyní. Stavba dalších křídel (zejména směrem k řece) byla dokončována až do počátku 18. století. Další úpravy prováděl Ignác Jan Palliardi ve II. polovině 18. století, roku 1846 byla budova generalátu a špitálu zvýšena o patro a zakončena směrem k řece atikou s tympanonem (arch. V. Kulhánek). Zásadní zásah do organismu kláštera znamenala pražská asanace na konci 19. století. V rámci zvýšení úrovně nábřeží a proražení Křižovnické ulice až do prostoru někdejšího Rejdiště (dnes Palachovo náměstí) byly s výjimkou kostela, nevelké pozdně gotické části z roku 1526 a jihozápadního nároží s generalátem a špitálem všechny budovy nahrazeny v letech 1909–12 novými křídly, uspořádanými kolem tří dvorů. Objekty ve stylu přechodu mezi novobarokem a secesí projektoval architekt Josef Sakař. Severní část areálu křižovníci od počátku zamýšleli jako nájemní domy pro hospodářské zajištění kláštera. Po rozehnání konventu roku 1950 zabralo klášter ministerstvo vnitra, řád se sem vrátil roku 1990 a zahájil postupnou obnovu jednotlivých částí areálu..