
Kostel je obrácený k severu, nad kněžištěm je věž a obdélníková chrámová loď má plochý strop. Vnitřní úprava kostela pochází z roku 1875. Vnitřní vybavení kromě oltáře obsahuje i další dva boční oltáře, štukovou kartuši nad hlavním oltářem, obrazy ze dvou dalších starších oltářů, sochy, křtitelnici i varhany. Na věži jsou tři zvony – nejstarší je zvon sv. Františka z roku 1697, novější jsou z roku 1838 a jsou zasvěceny sv. Filipovi a Jakubovi a sv. Janu Křtiteli. Tzv. Zlíchovský reliéf (votivní renesanční deska s dřevořezbou z let 1520–1525) je uložena v Národní galerii. Budova přilehlé fary pochází z roku 1872 a vznikla přestavbou domu čp. 21. Mezi kostelem a farou leží empírový hřbitov.
Na místě dnešního kostela stávala románská kaple sv. Štěpána, prvně zmíněná 13. února 1257. Tehdy ji Přemysl Otakar II. věnoval kanovníkovi chrámu Vyšehradského Bartoloměji a jeho nástupcům. Kaple měla být zbořena a zasvěcení sv. Štěpána (možná i s ostatky) mělo být přeneseno na kapli Vyšehradskou. Nestalo se tak a patronem kaple se stal zřejmě sv. Václav. Na přelomu 14. a 15. století byla přestavěna goticky, v roce 1660 opravena a v letech 1713–1714 byla stržena a na jejích základech byl postaven současný barokní kostel sv. Filipa a Jakuba.
Na tzv. Svatoštěpánský vršek podle Václava Hájka z Libočan doskočil Horymír na koni Šemíkovi, jehož stopy se zde prý ještě v 19. století ukazovaly.