
Botanická zahrada hl. m. Prahy se nachází na katastrálním území Praha-Troja a v současné době má rozlohu asi 50 ha. Má tři vchody, dva v jižní části a třetí pak v části severní. Přímo u zastávky autobusů Kovárna se nachází vstup přes vinici sv. Kláry, od zastávky Zoologická zahrada se lze dostat k pův. hlavnímu vchodu v Nádvorní ulici, a to vzhůru buď Trojskou ulicí nebo zkratkou po tzv. Kozí stezce. Zastávky Kovárna i Zoologická zahrada obsluhuje městský autobus 112 od stanice metra C Nádraží Holešovice. Přístup k severnímu vchodu do botanické zahrady se nachází v ulici K Pazderkám, kde je zastávka Na Pazderce pro autobusy jedoucí od stanice metra C Kobylisy. Uvedená ulice se nachází v trojské části tzv. bohnického sídliště, tedy na jeho jižním okraji. U severního vchodu je též placené parkoviště pro návštěvníky zahrady. Kromě uvedených tří vchodů má zahrada ještě čtyři samoobslužné vchody pro návštěvníky s permanentními vstupenkami. Venkovní plochy botanické zahrady jsou v zimním období (1. listopadu - 21. března) přístupné denně zdarma. Součástí zahrady je též tropický skleník Fata Morgana (viz samostatné heslo), který se však nachází v sousedním samostatném areálu s odlišnou otevírací dobou a samostatným vstupným. Samostatná hesla jsou věnována ještě dvěma objektům na území zahrady, a to kapli sv. Kláry a rozhledně z r. 2014.
Jednotlivé části zahrady již nejsou od sebe odděleny ploty, ale plot obepíná jednu velkou a přehlednou venkovní expozici s množstvím zajímavých výsadeb a překrásnými výhledy a zákoutími. Venkovní expozice se rozkládá na ploše asi 50 hektarů a je zpřístupněna celoročně, v zimním období dokonce zdarma. Dolní část tvoří především nejstarší část venkovních expozic, tzv. Ornamentální zahrada, k níž postupně přibyla Japonská zahrada a historická vinice sv. Kláry. Z města na pohled dominantní je tzv. Stráň korunovaná lesem, na níž se dosud dochovaly fragmenty původních stepních společenstev, které byly typické pro Troju ještě do 20. let 20. století. Nad Strání se nachází severní část zahrady s pivoňkovou loukou, která hostí také kolekci magnolií, efektní zejména na přelomu března a dubna, kdy desítky těchto krásných dřevin kvetou. Dále je zde mokřad s jezerem, severoamerická polopoušť a prérie se sbírkou kaktusů a sukulentů. V expozicích Lesní biotopy východní Asie a Lesní biotopy Severní Ameriky jsou postupně vysazovány desítky zajímavých dřevin. Dosazováno je také bylinné patro, takže za několik let budou tyto plochy navozovat dokonalou iluzi východoasijských či severoamerických lesních společenstev. Novinkou od roku 2008 je Pinetum, které vzniklo ve spolupráci s muzeem Geosvět, je to nová expozice zkamenělých dřev, araukaritů. Její dokončení bylo korunováno vysazením velkého exempláře Araucaria araucana. Tato rostlina je žijícím příbuzným vystavených zkamenělých kmenů. Jsou tak opět vedle sebe, a přece 200 miliónů let vzdáleny. Věhlasný je tropický skleník Fata Morgana, který se však nachází mimo areál venkovních expozic zahrady a je mu věnováno samostatné heslo. Botanická zahrada spravuje i naučnou stezku začínající na křižovatce historické úvozové cesty a Nádvorní ulice cca 25 m od jižního vchodu. Na trase stezky, která vede mimo venkovní plochy, je na zhruba 3 km rozmístěno celkem 9 informačních panelů a panorama na vřesovišti Pustá vinice.
Realizace se vlekla a teprve po změně poměrů byla v r. 1992 na ploše 3 ha otevřena tzv. úvodní expozice, dnes označovaná jako orientální zahrada. Vévodí jí velká louka, která slouží k relaxaci návštěvníků a k výstavám uměleckých děl. Obklopují ji menší expozice a rybníček. V květnu 1997 přibyla expozice japonské zahrady, založené roku 1995. Japonská zahrada a expozice Turecka a Středomoří zaujímají asi 1,5 hektaru, z toho samotná japonská zahrada 0,67 hektaru. Japonskou zahradu navrhla a z velké části realizovala ing. Kamila Skálová. V hlavní části japonské zahrady je umělý horský potůček, japonské javory, rododendrony a bambusy. Ve vodě žijí červení koi-kapři, symboly štěstí a blaženosti. Rovněž další prvky zahrady vyjadřují japonskou symboliku. V zahradě pravidelně probíhají výstavy bonsají. Od dubna 2004 byla pro veřejnost zpřístupněna památkově chráněná vinice svaté Kláry, pocházející přinejmenším ze 13. století, avšak v průběhu historie několikrát rušená a znovu obnovovaná. Od 17. století patřila k Trojskému zámku. V letech 1950–1953 byla obnovena a od r. 1995 je ve správě Pražské botanické zahrady. Svou rozlohou 3,56 ha je největší pražskou vinicí a tvoří významný podíl z celkových 11 ha aktuálně registrovaných pražských vinic. Býv. viniční domek byl upraven na celoročně přístupnou vinotéku. Lučinatá Stráň s roztroušenými dřevinami je prudký přírodní svah obrácený k jihu, který poskytuje vynikající pohledy na Prahu. Hornímu okraji dominuje od r. 2007 železná skulptura Lukáše Raise zvaná Lamy-Ona a On. Ve východní části Stráně se připravuje expozice medonosných rostlin a chovu včel a na okraji lesa byla r. 2014 instalována železná rozhledna (viz samostatné heslo). Nad Strání byla v r. 2007 otevřena tzv. severní expozice, kterou tvoří především pivoňková louka, mokřad s jezírkem a severoamerická polopoušť a prérie. Zalesněná část je postupně přeměňována na lesní biotopy severní Ameriky a východní Asie. Je tu též expozice stínomilných trvalek a stále zelených dřevin.