
Židovská čtvrť v Libni, po Josefově druhá největší v Praze, vznikla na počátku 16. století. V roce 1713 bylo v Libni už 300 Židů (a 150 křesťanů), obec se rozšířila v polovině 18. století po přesídlení Židů z vnitřní Prahy. Původní stará synagoga z r. 1592 stála v centru židovského města, v Koželužské ulici. Byla ohrožována častými povodněmi, a proto židovská obec zakoupila stavební parcelu na poněkud vyvýšeném místě mimo oblast původní židovské osady. 23. listopadu 1846 na ni byl za přítomnosti arcivévody Štěpána položen základní kámen nové synagogy. Ta byla slavnostně vysvěcena až roku 1858. Stará synagoga byla zbořena roku 1862.
Synagoga byla vystavěna v novoromantickém slohu. Jedná se o jednoduchou trojlodní obdélníkovou stavbu, dnes zvenčí téměř bez ozdob. Původní fasáda měla výraznou štukovou výzdobu a střední okno mělo bohatší plastické lemování s motivem Mojžíšových knih s desaterem a hvězdou ve vrcholu. Nejvýraznějším dochovaným prvkem výzdoby je kulaté okno v zadním – východním průčelí stavby.
Náboženským účelům sloužila pouhých 83 let. Za nacistické okupace v r. 1941 byla synagoga uzavřena a zrušena a nacisté zde ukládali zkonfiskovaný židovský majetek. Za komunistického režimu byl zničen nedaleký starý židovský hřbitov i budova rabinátu. Synagoga dál sloužila jako skladiště, tentokrát jako sklad kulis divadlu S. K. Neumanna (dnes divadlo Pod Palmovkou). V padesátých letech zde jako kulisák pracoval Bohumil Hrabal. Synagoga až do sedmdesátých let poskytla prostor pro neoficiální literární a filozofické debaty a výtvarné akce skupiny umělců kolem Bohumila Hrabala, výtvarníka Vladimíra Boudníka a filozofa a básníka Egona Bondyho.
Na počátku 90. let byla budova vrácena židovské náboženské obci. Byla vyklizena, rekonstruována a slouží pro občasné umělecké projekty občanského sdružení Serpens.