
Někdejší farní chrám stejnojmenného německého kvartálu vznikl v rozmezí let 1232-63. Havelské město mívalo v rámci Starého Města pražského výsadní postavení – mohlo se chlubit řadou obchodních privilegií či např. vlastní soudní pravomocí.
Další etapu kostel načal ve století 14., kdy se přeměnil ve vrcholně gotickou baziliku. Karel IV. mu věnoval cennou relikvii - hlavu sv. Havla! Tu získal z kláštera St. Gallen ve Švýcarsku. Jeden z nejzásadnějších chrámů své doby je později proslaven také působením kazatelů Konráda Waldhausera, Jana Milíče z Kroměříže, ale i (r. 1404) Jana Husa. Farářem zde byl i sám Johánek z Pomuku.
Barokní podobu získává po r. 1627, kdy jej darem od Ferdinanda II. získali karmelitáni, kteří si při něm vybudovali menší klášter. Přestavba svatyně proběhla dle projektu G. Orsiho (do r. 1704) a později P.I. Bayera, přičemž mohutně se vlnící vstupní průčelí (z dvacátých let 18. stol.) zdobené plastikami karmelitánských světců je pravděpodobně od Santiniho. Roku 1671 zde byl pohřben malíř Karel Škréta.
Čtyři dvoupatrová křídla uzavírají malý obdélný dvůr. Pouze část fasád je raně barokních ze 17. století, větší část byla postavena později při novodobých úpravách. Dochováno je několik vrcholně barokních vstupních portálků. V křídle s refektářem se dochovaly původní klenby. V refektáří je štuková výzdoba a nástropní malby s biblickými náměty z let 1730 – 1740..
Jednání za klášter vedl Carlo Lurago. Smlouvu o koupi se jim podařilo uzavřít až v roce 1664. Základní kámen nového kláštera slavnostně položil arcibiskup Matouš Sobek z Bílenberku v roce 1671. Autorem budovy je G. D. Orsi, Lurago v době zahájení stavby již v Praze nežil. Práce probíhaly velice pomalu, stavba byla dokončena až v roce 1704. V roce 1786, po zrušení řádu, přešly budovy kláštera do majetku náboženského fondu, byly přeměněny na krámy a později na manufakturu vyrábějící krajky. K radikální přestavbě došlo ve 30. letech 20. století. V druhé polovině 20. století v budově sídlilo sovětské kulturní středisko, sovětská prodejna Čajka a další podobné instituce..