
Kostel sv. Tomáše je připomínán už v roce 1228. Na jeho místě se rozhodli řeholníci postavit nový konventní chrám. Nejdříve byl postaven presbytář, který měl být původně trojchórový a teprve později byl změněn na dlouhý jednolodní chór. Ve druhé čtvrtině 14. století získala kaple sv. Doroty podobu úzké chodbovité prostory s lomenými okny. Za Karla IV. byla přistavěna ke chóru trojlodní bazilika se dvěma věžemi. Jižní z věží je zachována do úrovně výšky boční lodi, severní byla dokončena v roce 1405.
Ze staveb kláštera z předhusitské doby se dochovalo pouze východní křídlo konventu. V severní kapli se čtvercovou sakristí jsou fresky, vzniklé zásluhou císařova kancléře Jana ze Středy. Vedle sakristie je dvoulodní kapitulní síň s malým v roce 1410 přistavěným presbytářem. Prostory mají renesanční výzdobu. Zachován zůstal i ambit s opěrnými pilíři. Patro má trojtraktovou dispozici raně barokního původu, charakteristickou pro augustiniánské konventy. Stejné členění má i severní křídlo, kde je mimo jiné umístěn refektář. Jižní křídlo je tvořeno pouze chodbou v přízemí a v patře galerií s knihovnou, v západním patrovém křídle jsou cely.
Konvent přiléhá k severní stěně kostela. Rajský dvůr dodnes odpovídá čtvercovému půdorysu středověkého kláštera. Oproti vnějším fasádám kláštera, které jsou z důvodů umístění v husté městské zástavbě zdobeny skromně, vynikají vrcholně barokní fasády kostela bohatým členěním. Jejich autorem je Kilián Ignác Dientzenhofer. U hlavního průčelí využil původní renesanční hlavní mramorový portál od Giovanniho Battisty Bussi de Campione i raně barokní niku se sochou sv. Tomáše od Jeronýma Kohla (1684). Průčelí je určeno k podhledu – vzhledem k nemožnosti dostatečného odstupu. Interiér kostela je vrcholně barokní, přestože si zachovává některé renesanční prvky. Některé oltářní malby jsou připisovány Karlu Škrétovi (cca 1644). Nové sochy pocházejí od Františka Weisse, J. a O. Quittainerů, a F. M. Brokofa.
Hlavou řádu je každých šest let volený generální převor, který sídlí v Římě. První kláštery vznikly v Čechách za vlády Přemysla II. Otakara, další řada klášterů pak vznikla v pobělohorské době. Sedm z těchto klášterů zůstalo i po josefínských reformách. Před zřízením české provincie (patřily do ní i Morava a Polsko) v roce 1357 spadaly české kláštery pod bavorskou provincii. Znovuzřízena byla česká provincie v roce 1604 (už pouze Čechy). Obutí augustiniáni nosí černý hábit s dlouhou kapucí a s černým koženým řemenem, při slavnostních příležitostech používají široké návlečné rukávy (manicae). Novici nosí hábit bílý. Ve znaku má řád černou knihu obtočenou páskem, na níž stojí planoucí červené srdce probodnuté šípem, který se kříží s pastýřskou holí, štít je zlatý. K řádovým svatým kromě sv. Augustina a jeho matky sv. Moniky patří sv. Mikuláš Tolentinský a sv. Tomáš z Villanovy. Z kláštera v Mnichově - Pivoni je známý poustevník bl. Koloman. Nejznámějšími příslušníky řádu jsou Martin Luther, starobrněnský opat (a především zakladatel genetiky) Johann Gregor Mendl nebo skladatel Pavel Křížkovský..
Tomáše Apoštola a kaple sv. Doroty. Kostel patřil břevnovskému klášteru benediktýnů a tak se opat Kristián na žádost panovníka vzdal patronátních a vlastnickým práv ve prospěch augustiniánů. V roce 1315 posvětili presbytář nového chrámu na místě původního kostela mohučský arcibiskup Petr, trevírský arcibiskup Balbín, pražský biskup Jan IV. z Dražic a olomoucký biskup Petr. Kostel samotný, stejně jako přestavěná kaple sv. Doroty, byl vysvěcen v roce 1379 kardinálem Pileem, arcibiskupem mohučským Ludvíkem a arcibiskupem pražským Janem Očkem z Vlašimi. Už v roce 1306 se pozemky kláštera rozrostly o Pytlíkovskou zahradu, kterou darovala abatyše svatojiřského kláštera Kunhuta, v roce 1323 darovali klášteru další pozemky Jan Lucemburský s Eliškou Přemyslovnou a v roce 1351 i Karel IV. V roce 1358 klášter koupil další pozemek pro výstavbu pivovaru. Císař Karel IV. také daroval klášteru ostatky sv. Tomáše Apoštola, které získal v augustiniánském klášteře v Sieně. Stavba konventu probíhala souběžně se stavbou kostela během 14. století. Za husitských válek (1420) však byl téměř celý zničen, výjimkou je částečně dochované východní křídlo. Řeholníci se do kláštera vrátili někdy kolem roku 1450. V letech 1503, 1509 a 1541 klášter vyhořel, poškozena byla i klenba kostela. Peníze na opravy získával řád rozprodáváním majetku. Císař Rudolf II. nechal svého architekta Ulrika Aostalliho posoudit stav staveb a navrhnout úpravy, které však přesahovaly finanční možnosti řádu a byly uskutečněny jen částečně. Do roku 1592 byl dostavěn kostel a nově byla vyzdvižena jeho severní věž. Stavba konvetu pokračovala až do roku 1637, kdy byla zakončena posvěcením hlavního oltářního obrazu od Petra Pavla Rubense. Další opravy si vyžádalo poškození konventu bleskem v roce 1723. Až v roce 1727 byl požádán o spolupráci Kilián Ignác Dientzenhofer – také jím navržené úpravy byly realizovány jen částečně. Podle smlouvy měl zachovat starší konstrukce, provést jen nejnutnější úpravy a také nově upravit průčelí kostela. Na nové výzdobě kostela se podílel sochař Karel J. Hiernle a fresky vyhotovil Václav Vavřinec Reiner. Nové vysvěcení kostela proběhlo v roce 1729. Další výraznější úpravy konventu proběhly až po roce 1950, kdy byli řeholníci vyhnáni a konvent byl přeměněn na domov důchodců..