
Židovský hřbitov je na ulici Kostelecká, přibližně půl kilometru od náměstí. V jeho blízkosti lze vidět kříž, označující Stínadla, místo brandýského popraviště.
V polovině 16. století židovská obec načas zaniká. V roce 1559 jsou Židé z Brandýsa vypověděni a 18. července toho roku odcházejí do exilu do Poznaně. Mezi lety 1564 – 1567 se pak do Brandýsa židovské rodiny postupně vracejí. Po návratu získávají povolení založit na bývalém obecním hliništi v bezprostředním sousedství brandýského popraviště židovský hřbitov. Založen je v roce 1568. Nejstarší náhrobek, na němž lze přečíst údaje patří Josefu ben Jicchaku a je z roku 1572. Na hřbitově je dochováno okolo 1500 náhrobků z celého období kdy se na něm pohřbívalo. Domek sloužící jako dnešní vchod na hřbitov je doložen v 18. století. Dochovala se v něm vozovna s pohřebním vozem, vlevo od vchodu – v obřadní místnosti chevry kadiš – je výstavka o židovském osídlení okolí Brandýsa..