
Kostel je v duchu kapucínské architektury jednoduchá jednolodní stavba s dvěma kaplemi po severní straně. Obdélná loď je valeně klenutá, do přestavby na koncertní síň byla vybavená oltářem z poloviny 18. století s obrazem sv. Anny vyučující P. Marii z roku 1773.
Anny postavili patrně samotní bratři kapucíni. R. 1709 byl klášter přestavěn. V rámci josefínských reforem byl r. 1786 byl řád kapucínů zrušen a r. 1788 byl konvent uzavřen, od téhož roku sloužil bývalý klášter vzdělávání kněží z pražského generálního semináře. Od r. 1790 zde bylo ustanoveno teologické studium a r. 1804 zde byl otevřen kněžský seminář, při této příležitosti byly budovy stavebně upraveny v empírovém stavebním stylu. Od r. 1804 sloužil kostel sv. Anny opět k liturgii (r. 1815 byl opraven, r. 1825 byl doplněn o věžičku ve štítě). V l. 1843-44 proběhla klasicistní přestavba budov semináře. Kněžský seminář zde byl do r. 1950, poté zde národní výbor zřídil r. 1971 Krajskou politickou školu. R. 1974 se konala v kostele poslední bohoslužba, r. 1976 byl vyklizen veškerý mobiliář. Po rekonstrukci kostela v něm byla r. 1986 zřízena koncertní síň Otakara Jeremiáše Jihočeské komorní filharmonie. Od r. 1990 využívá bývalý seminář Teologická fakulta Jihočeské univerzity, která zde zprostředkovává studium teologie zejména laikům. V prostorách také sídlí galerie Zlatý kříž..