
Mohutná budova bývalého laického kostela svaté Markéty stojí spolu se zbytkem vjezdové brány u vjezdu do staré části obce (bývalého hospodářského zázemí kláštera) od místního nádraží (trať České Budějovice - Volary) a silnice III. třídy Přísečná - Holubov. Vede tudy i červená značka z Kleti a cyklostezka 12 (Rožmberského dědictví).
Ve Zlaté Koruně tak u brány kláštera vznikl kostel sv. Markéty, který sloužil laickým návštěvníkům a personálu kláštera, kteří nemohli navštěvovat klášterní chrám, vyhrazený pouze řeholníkům. Klášterní tradice udávala, že šlo o nejstarší stavbu celého komplexu, současné bádání se zdá nasvědčovat tomu, že ke stavbě došlo v 70.–80. letech 14. století, nelze ale vyloučit, že šlo o náhradu starší stavby. Kostel byl roku 1420 těžce poškozen husity, k obnově došlo až koncem 15. století. Svému účelu sloužil až do roku 1785, kdy byl zrušen klášter a veřejnosti se jako farní otevřel velký mariánský kostel. Laická svatyně byla zrušena, část jejího zařízení byla odvezena do jiných kostelů v širším okolí (viz kostel Nejsvětější Trojice v Hodňově) a v budově byla zřízena textilní manufaktura, později nahrazená sirkárnou. Utilitární úpravy a požáry, způsobené těmito provozy, postupně objekt devastovaly a zbavovaly ho některých konstrukcí (klenby, většina presbytáře). Od roku 1902 do počátku 90. let 20. století sloužil bývalý kostel jako obytný dům, dnes je zcela prázdný. Někdejší klášterní brána, jejíž zbytek na kostel navazuje, byla zbořena v letech 1960–63..