
Hřbitov leží v nevzhledné části města, obklopen průmyslovými areály a sklady. Asi 100 m od vchodu má zastávku autobus MHD č. 16. Přímo proti hřbitovu je velká parkovací plocha. Brána hřbitova byla v květnu 2008 zamčená. Klíč je, podle informace na brance, možno vyzvednout na vrátnici sousedního průmyslového areálu.
Židovská komunita se rozrůstala a bohatla, na konci 15. století zde žilo asi 100 Židů ve více než 10 domech. V jednom z nich byla synagoga, doložena roku 1380. V 80. letech 15. století zničil většinu domů v Židovské ulici požár, který odstartoval řadu nařčení a útoků vůči Židům. Tato série vyvrcholila v prosinci 1505 vykonstruovaným procesem, při kterém bylo 7 Židů odsouzeno k upálení na židovském hřbitově před Rožnovskou branou a 13 k smrti utopením. V roce 1506 byli zbylí Židé, na základě majestátu Vladislava II., vyhnání z města. Jednalo se převážně o ženy. Děti, kterých bylo 23, byly pokřtěny a předány křesťanským rodinám. Majetek propadl králi a ten jej daroval městu. Synagoga v Židovské ulici byla přeměněna na kapli svaté Markéty, která sloužila církevním účelům do roku 1566. Pak byla kaple zrušena a přeměněna na hospodu. Zpět do Českých Budějovic se Židé vrátili až v roce 1849. Židovská náboženská obec zde byla založena v roce 1859 a roku 1890 už měla 960 členů. Roku 1921 se hlásilo k židovskému vyznání 1423 osob. Za německé okupace došlo k téměř úplné likvidaci obce, přežilo pouhých 30 osob. Zničena byla i synagoga, která byla dne 5. 7. 1942 vyhozena do povětří, zpustošen byl i židovský hřbitov. Po válce byla ŽNO obnovena, dále trpěla emigračními vlnami po roce 1948 a 1968, posléze byla přičleněna k plzeňské ŽNO..
Oba tyto hřbitovy zanikly a beze stopy zmizely se zánikem židovské komunity v roce 1506. Nový hřbitov v dnešní Pekárenské ulici cca 1,5 km od středu města byl založen po obnovení židovské obce po roce 1848. Hřbitov má rozlohu 6489 m2. První pohřby zde proběhly v roce 1867. Za války byl hřbitov nacisty zpustošen. Po válce byl hřbitov částečně opraven a 15. 10. 1950 na něm byl odhalen památník obětem nacismu. Po roce 1990 byl hřbitov postupně opravován a v roce 1998 byla v hřbitovním domku otevřena malá expozice o dějinách Židů v Českých Budějovicích. Dochovalo se asi 100 celých náhrobků, a množství podstavců a jiných částí náhrobků..