Novogotický kostel postavil v rámci přestavby celé obce v souvislosti s romantickou úpravou zámku v letech 1844–47 knížecí stavitel Franz Beer. Rozlehlý objekt nahradil starší svatyni.
V obci Hluboká si kromě zámku můžeme prohlednout ještě některé další památky. K nim patří i kostel Sv. Jana Nepomuckého. Kostel byl postaven v letech 1844 až 1847 podle plánů architekta Franze Beera. Podle některých pramenů byly zvony na věž kostela přemístěny ze zámecké kaple. Původně měl kostel tři zvony. Největší se jmenoval Josef, z roku 1725 a vážící přes 800 kg. Nejstarší byl Donát z roku 1629 a nejmenší byl Jan, o váze jen něco přes 200 kg. Dnes má kostel jen jeden zvon. Kostel je postaven v novogotickém stylu, obdélný s příčnou lodí, věž vysoká 56 m před západním průčelím. Sv. Jan Nepomucký je patronem schwarzenberského rodu a na svátek Jana, 16. května, se koná na Hluboké svatojánská pouť. Dnes sice najdeme v kalendáři nejčastěji jméno Přemysl, ale tento den je svátkem i Jana Nepomuckého.
22.12. 2003