
Velešínští protestanti si koncem 15. století postavili nový kostel v západní části náměstí. Vysvěcen byl roku 1491. Po rekatolisaci krumlovského panství, provedené roku 1616 po jeho převzetí Habsburky, se ukázal jako přebytečný: bohoslužby se zde konaly jen dvakrát ročně (na svátek Filipa a Jakuba 1. května a 25. července). Kostel byl roku 1785 uzavřen a dva roky nato jej získala za 155 zlatých obec. Ta roku 1792 rozprodala dvě třetiny lodi soukromníkům, kteří si zde zřídili byty. Věž nadále fungovala jako městská hláska a hodinová věž, presbytář sloužil pro potřeby města.
Po II. světové válce v objektu sídlil místní národní výbor, archiv a zůstávalo zde několik bytů. Horní podlaží přepatrovaného presbytáře s freskovým epitafem rytířského rodu Kalzkreuterů z roku 1653 sloužilo jako obřadní síň.
V současné době prochází objekt rekonstrukcí.