
Tvrz byla renesanční patrová stavba. Dnes na jejím místě stojí domy čp. 31 a 33. Protože dosud nebyl proveden podrobný průzkum objektů, nelze uvést další závěry. Často je v populární literatuře dávána s tvrzí do souvislosti kamenná zeď (hradba) a brána, někde se hovoří o opevnění celé vesnice či o podobnosti s blízkým Žumberkem. Pravda je však taková, že dochovaná zeď tvořila ohrazení zahrady dvora a nejedná se tudíž o fortifikační prvek. A brána je vlastně vjezd do statku čp. 7, kudy zároveň vedla a stále vede hlavní průtahová komunikace obcí. Brána (znovupostavena v roce 2004) je proražena ve zdi spojující dvě křídla statku a podepřena čtyřmi podpěráky.
První zmínky o Čížkrajicích (německy Sitzkreis) spadají do roku 1322 a je možné, že již tehdy zde stávala také tvrz. V polovině 16. století, kdy ves vlastnili Sudlicové z Jívovice, byla zřejmě přestavěna renesančně. V roce 1600 získal Čížkrajice Jindřich Otík z Labouně (služebník posledních Rožmberků) a po jeho smrti roku 1605 se majitelé často střídali. V polovině 17. století byla stavba pustá, ale později došlo k její obnově. Stál při ní hospodářský dvůr, jehož součástí byl i menší pivovar. V roce 1745 se vsi a tvrze zmocnili Buquoyové, kteří zboží připojily k panství Nové Hrady. V 19. století došlo k rozparcelování dvora, na jehož místě postupně vznikaly menší domky. To se dotklo i tvrze, která přešla v roce 1803 do soukromých rukou, bylo sneseno patro a stavba upravena do dnešní podoby. August Sedláček v 80. letech 19. století poznamenal, že „staré stavení tvrze, která bývala… číst dále