
Obec leží 4 km jižně od Trhových Svinů při cestě na Benešov nad Černou v podhůří Novohradských hor. Vjezd do vsi je zcela netradiční – vede klenutou branou a dvorem rozlehlého statku. Tvrz stávala na severním okraji Čížkrajic a dnes jsou na jejím místě domy čp. 31 a 33 (první domy vpravo za statkem). V souvislostí s tvrzí je také vždy připomínána kamenná zeď viditelná dobře především vpravo od statku těsně před vjezdem do obce.
31 a 33. Protože dosud nebyl proveden podrobný průzkum objektů, nelze uvést další závěry. Často je v populární literatuře dávána s tvrzí do souvislosti kamenná zeď (hradba) a brána, někde se hovoří o opevnění celé vesnice či o podobnosti s blízkým Žumberkem. Pravda je však taková, že dochovaná zeď tvořila ohrazení zahrady dvora a nejedná se tudíž o fortifikační prvek. A brána je vlastně vjezd do statku čp. 7, kudy zároveň vedla a stále vede hlavní průtahová komunikace obcí. Brána (znovupostavena v roce 2004) je proražena ve zdi spojující dvě křídla statku a podepřena čtyřmi podpěráky..
V roce 1600 získal Čížkrajice Jindřich Otík z Labouně (služebník posledních Rožmberků) a po jeho smrti roku 1605 se majitelé často střídali. V polovině 17. století byla stavba pustá, ale později došlo k její obnově. Stál při ní hospodářský dvůr, jehož součástí byl i menší pivovar. V roce 1745 se vsi a tvrze zmocnili Buquoyové, kteří zboží připojily k panství Nové Hrady. V 19. století došlo k rozparcelování dvora, na jehož místě postupně vznikaly menší domky. To se dotklo i tvrze, která přešla v roce 1803 do soukromých rukou, bylo sneseno patro a stavba upravena do dnešní podoby. August Sedláček v 80. letech 19. století poznamenal, že „staré stavení tvrze, která bývala z kamene vystavena a šindelem kryta, dosud stojí.“.
Na počátku 15. století patřila ves Janu Žestovcovi ze Světví, po r. 1437 Sudlicům z Jívovice. R. 1544 si dal Václav Sudlice zapsat tvrz, dvůr a ves do obnovených desk zemských jako svůj majetek. Na počátku 17. století seděl na tvrzi Jindřich Otík Brodský z Labouně. Pro účast na stavovském povstání v l. 1618–1620 byl r. 1623 odsouzen, ale statek mu byl ponechán. Vdova Elena, rozená z Kokořova, prodala r. 1638 zpustlý statek Johaně Sudkové, rozené Smrčkové z Mnichu. Podle odhadu z r. 1650 byla tvrz pustá a neobyvatelná. Tehdy koupil statek Markvart Býšovec z Býšova. Po jeho smrti (1669) zde hospodařil jeho starší syn Jan Václav († 1687). Zadlužený statek Čížkrajice byl v r. 1708 prodán v dražbě. V odhadu statku se uvádí patrová kamenná tvrz, u níž byl také pivovar. Nový majitel Jan Jiří z Pichelsdorfu držel Čížkrajice do r. 1727, kdy je prodal Josefíně Rajské z Dubnic, rozené Zádubské ze Šentálu. Když ta v r. 1745 prodávala statek hraběti Františku Leopoldu Buquoyovi, byla ve smlouvě již jen zmínka o panském bytu. Nový majitel připojil Čížkrajice k Novým Hradům..