
Kostel byl pravděpodobně založen na počátku 12. stol. benediktiny z třebíčského kláštera, kterému Dalešice patřily. Tento kostel byl původně zasvěcen Nanebevzetí Panny Marie. Později se jeho osudy prolínaly se zde založeným klášterem, který však kolem roku 1550 zanikl. V roce 1700 je kostel zasvěcen apoštolům sv. Petru a Pavlu.
Kostel prošel mnohými úpravami – původní malá okénka byla nahrazena velkými, kostel byl dodatečně zaklenut. V roce 1733 byla zvýšena věž a zastřešena bání.
V 18. století byl zbytek kláštera přestavěn na zámek, jehož součástí je kostel dodnes. Původní hřbitov u kostela byl zrušen a stal se součástí zámeckého parku.
Při bombardování obce v roce 1945 byl kostel velmi poškozen. Při jeho opravách byly objeveny cenné fresky ze začátku 14. století, které v r. 1946 odkryl a zrestauroval akademický malíř Oto Strizko.
V roce 1972 byly pořízeny 3 nové zvony náhradou za zvony zrekvírované za 2. sv. války. Po válce kostel prodělal několik oprav, z nichž poslední proběhla v roce 2006.