
Do 30. až 40. let 13. století datuje kounickou komendu západní část kostela sv. Mikuláše, jehož plochostropá loď byla později ve 14. století prodloužena k východu. Ve sklepě jižního křídla protilehlého dvora se dochovala spodní část raně gotické obytné budovy komendy. Sklep o rozměrech 17,7x5 metrů je přístupný lomeným portálem ze schodiště vedoucího na nádvoří. K raně gotické fázi patřila i obdélná vstupní brána rozpoznaná v jižní části západního křídla a na ní navazující do mírného oblouku prohnutý úsek ohradní zdi. Raně gotický původ mohou mít hypoteticky i některé konstrukce v suterénu severní části západního křídla.
Během 15. století upravili páni z Kounic a Jevišovic komendu na pozdně gotickou tvrz. Z té doby pochází zřejmě klenba v průjezdu vstupní brány, severní část západního křídla a pravděpodobně i ohradní zeď uzavírající západní část areálu na severu a na jihu. Hypoteticky byla tato část tvořící v té době panské sídlo nějakou zdí oddělena i od kostela, který se stal farním kostelem vysazeného městečka.
Snad na počátku 16. století byl novým renesančním traktem propojena severní a jižní část západního křídla.
V rámci hospodářského využití bylo postaveno barokní severní křídlo, na raně gotické substrukci obytné budovy komendy vznikla barokní sýpka, do jejíž jižní zdi bylo druhotně osazeno raně gotické sdružené okénko.
Na počátku 15. století rytíři Kounice zastavili Janu Suchému Čertovi z Kunštátu. Během dočasné uherské nadvlády na Moravě král Matyáš Korvín Kounice zabavil Bočkovi z Kunštátu, ten se sem po roce 1470 opět vrátil. Od počátku 16. století zde již majitelé nesídlili a tvrz se přizpůsobovala hospodářskému provozu..