
Mezi lety 1238 – 1240 se usadily na tzv. Michalském návrší, u starší kaple sv. Michala,v nově vzniklém královském městě, dominikáni, jeden z prvních žebravých mnišských řádů. Zřejmě hned po příchodu do města začali dominikáni stavět klášter a zároveň i nový kostel. Nejpozději k roku 1250 byla vybudována i část konventu s dormitářem, v roce 1251 byl nový, ještě nedokončený kostel vysvěcen. V průběhu 15. století došlo k dostavbě a úpravám ambitu i k přestavbě kostela, který byl nově zaklenut. Podle nápisu na kamenné desce ve zdivu západní hranolové věže je znám přesný počátek její stavby, rok 1482. Věž s nápisovou deskou je dnes spolu klenbou v sakristii jediným viditelným dokladem středověké podoby chrámu.
Po třicetileté válce značně poškozený kostel sv. Michala byl v letech 1673 – 1699 ranně barokně přestavěn. Pro přestavbu svého chrámu byl vybrán císařského architekt a inženýr Giovanni Pietro Tencalla. Pro barokní kostel, prodloužený o 3 metry západním směrem, bylo využito obvodové zdivo někdejšího středověkého chrámu včetně sakristie. Vznikla jednolodní sálová stavba s postranními kaplemi. Bez charakteristické trojice tehdy vybudovaných barokních kupolí michalského kostela si panoráma města snad ani nelze představit. Nový kostel byl vysvěcen 1. ledna 1707, ale již o dva roky později spolu s klášterem vyhořel. Zcela musely být obnoveny střechy a od roku 1710 byl intenzivně doplňován nový barokní inventář, který se z větší části zachoval do dnešní doby.
Dominikáni v klášteře sídlili do roku 1784. Tehdy byl konvent přesunut do Josefem II. zrušeného bernardinského kláštera v Olomouci - Bělidlech a kostel byl prohlášen za farní.
Mezi lety 1892 – 1898, došlo k rozsáhlým úpravám interiéru michalského kostela. Projevily se zde tendence historizujícího romantismu. Objekt kláštera byl v 19. století přebudován pro účely kněžského semináře.
V roce 1950 museli dominikáni odejít také z bělidelského kláštera. Do Olomouce se vrátili až v roce 1990, kdy převzali i správu fary u sv. Michala.
Hovoří proto nejen zmínky z různých kronik, ale třeba i omezené nálezy PhDr. J.Bláhy. Nejzajímavějším nálezem se již v r.1932 stalo objevení šestiboké základové zdi v zahradě michalského kostela. S velkou pravděpodobností se jednalo o strážní věž v hradební zdi nad východním srázem. Později bylo zjištěno, že právě tudy procházela tehdejší hlavní komunikace. Vznik šestiboké věže vnáší dodnes otazníky. Je archeologicky již zjištěno, že u Olomouce stával římský tábor. Ve 2.pol. 4.století římané zřizovali severně od Dunaje tvrze s šestibokými strážními věžemi, tzv. Julium speculum a též vkládali do markomanských a kvádských pevností své posádky. Zda tak bylo i zde však není zatím nijak prokázáno. Vzhledem k typu a rozměrům základů věže je možné, že byla opravdu vybudována římany. Zajímavé je však např. i to, že ve 12.stol. markrabě Vladislav Jindřich sídlil podle písemností na Velkém hradě, zvaném Juliánský, či samotné pověsti o založení města samotným Caesarem. Nesmíme zapomenout ani nejdůležitější fakt, že v středověkých písemnostech se přídavek Juliánský, jako označení Olomouce četně užíval. O jak významné místo severně od Dunaje spojené s římany se tehdy asi jednalo svědčí hlavně skutečnost, že tuto událost nesmazal ani vliv Velkomoravské říše, rod Přemyslovců, či zdejší biskupství. Druhou zajímavostí kostela sv.Michala je zdejší zvonice. Podle všech zjištěných indicií byla postavena ze zbytků pravděpodobného bývalého hradu. Podle půdorysu a šířce základního zdiva se jednalo o klasický donjon – obytnou strážní věž, připomínající např.náš nejstarší hrad Přimdu v Čechách. Vstup do zvonice je proražený v kamenné čtyřmetrové zdi. Zhruba po deseti metrech nahoru je zdivo nahrazeno smíšeným materiálem a nakonec ukončeno cihlovým. Bohužel doposud nebyla zvonice řádně prozkoumána, takže nelze stanovit stáří stavby. Donjon měl jistě stejný význam jako kdysi vedlejší šestiboká předchůdkyně – strážní funkci, kdy hlídal okolí města a hlavní městskou silnici..