
Ves Unčovice držela roku 1348 předpokládaná zakladatelka tvrze Judita z Vildenberka a po ní její syn Ješek z Lipé a Pirkenštejna a jeho potomci až do roku 1447. Husitské války tvrz přečkala v dobrém stavu zřejmě díky svému majiteli Hynku Ptáčkovi z Pirkenštejna, známému kališnickému pánu. Pohromou pro tvrz byly česko-uherské války poděbradské éry, za nichž byla roku 1467 zpustošena a v troskách ležela ještě roku 1491.
Před rokem 1499 ji nechala Markéta z Vranova obnovit a v podstatě do dnešní goticko-renesanční podoby ji zformovali mezi lety 1499 a 1546 Hanuš Haugvic z Biskupic a jeho syn Václav. Renesanční úpravy pokračovaly i po roce 1546, kdy je tvrz od Haugviců koupilo město Olomouc.
Během třicetileté války tvrz zpustošila při svých výpadech z obsazené Olomouce švédská vojska ve 40. letech 17. století. Ještě roku 1681je tvrz označována jako pustá, krátce poté však byla opravena a sloužila jako šenk a tančírna. Ve 2. polovině 19. století byla ve tvrzi zřízena škola, později sloužila k bydlení a jako kanceláře. Po roce 1945 ji od města převzal státní statek a poté unčovické zemědělské družstvo, které ji vlastní dodnes.
Dnes jednopatrová podsklepená obdélná stavba o rozměrech 15x10,7 m je v severovýchodním nároží doplněna drobnou věžičkou s vřetenovým schodištěm. Podle její výšky lze předpokládat, že hlavní budova byla původně ještě o jedno patro vyšší. Přízemí bylo rozděleno na dvě místnosti, severní z nich byla krátce po dokončení rozpůlena příčkou na dvě místnosti zaklenuté výsečovými klenbami s hřebínky. Ve východní stěně 1. patra se dochoval arkýřový prevét a vedle něj zbytky konzol druhého. Původní palisádu nahradila zděná hradba, k níž bylo na severozápadě přistavěno hospodářské stavení. Snad již v polovině 16. století byla hlavní budova snížena o předpokládané druhé patro, přeřešeny byly okenní otvory a v jihozápadním nároží 1. patra přibyl okrouhlý arkýř. Obrana byla posílena druhým hradebním okruhem se dvěma baštami při patě ústředního pahorku.