
Stísněný prostor u farního kostela nepostačoval potřebám pohřebiště rozvíjejícího se města. Pravděpodobně v 16. století byl proto snad u staršího kostelíka na východním obvodu hradeb založen nový městský hřbitov. Kostel stál v jeho středu do roku 1843, kdy došlo k jeho demolici. Bylo tak umožněno další rozšíření plochy hřbitova. Jako náhrada zaniklého objektu byl roku 1844 postaven přímo u cesty na Újezd klasicistní kostel podle projektu českobudějovického stavitele Josefa Sandnera (1803–61). Ten má na rozdíl od původního presbytář orientovaný k jihozápadu, hlavní průčelí se obrací k severovýchodu do dnešní Kodádkovy ulice. Kostel má vnitřní zařízení převážně z 19. století, část byla přenesena z původní svatyně.
Hřbitov byl v průběhu 20. století změněn na park s tím, že byly zachovány náhrobky významných vodňanských osobností. Kostel slouží pro obyvatele přilehlého domova pro seniory, který navazuje na tradiční polohu špitálu v oblasti.