
Na místě nynějšího města vznikla první osada pravděpodobně po polovině 13. století a postupně se stala lokálním centrem. Prosperitu zabezpečovala "Zlatá stezka", spojení Čech s Bavorskem, která osadou procházela.
Prachatice nabízejí renesanční atmosféru, jen částečně narušenou novějšími empirovými přestavbami. Historické jádro města bylo v roce 1981 vyhlášeno Městskou památkovou rezervací.
Památky a pamětihodnosti:
Stará radnice - renesanční vystavěna v letech 1570-1571
Nová radnice - novorenesanční stavba z roku 1903
Kostel sv. Jakuba - založen ve 14. st. Gotická dostavba skončila v roce 1513. Nynější podobu získal v 19. st. kdy požárem zničená věž byla přestavěna do podoby minaretu.
Rumpálův dům - dům s nádhernou sgrafitovou výzdobou patřil do roku 1588 měšťanu Šebestiánu Rumpálovi.
Bozkovského dům - v letech 1573 -1598 byl v majetku rodiny prachatického rychtáře Jiříka Bozkovského z Bozkovic. Dnes v majetku města využíván jako obřadní síň.
Knížecí dům - dvoupatrový renesanční dům, vystavěný v roce 1572.
Sitrův dům - Jeden z nejkrásnějších domů na náměstí. Má gotické základy, nejvýznamnější přestavba provedena v roce 1604. Nyní městské muzeum.
Heydlův dům - bohatě zdoben sgrafity ze druhé poloviny 16. století.
Klášter sester sv. Jana Boromejského - v tomto domě se narodil Jan Neumann (1811-1860), pozdější biskup ve Philadelphii. V roce 1977 byl svatořečen. V r. 1861 dům přestavěn na klášter a v r. 1993 zřízena kaple sv. Jana Neumanna.
Prvně jsou Prachatice uvedeny v roce 1323 jako město s právem opevnění. V Prachaticích se stalo středem založení obdélníkové náměstí, kolem něhož se rovnoměrně rozložilo město. Ulice jednak spojovaly dvě vstupní brány, jednak vytvářely okružní ulici, kopírující uvnitř města hradební zdi. Pravděpodobně již na počátku 14. století byl v koutu náměstí založen kostel sv. Jakuba Většího (viz samostatné heslo HRADY.cz). Kostel byl vystavěn v gotickém slohu a je řazen mezi nejvzácnější architektonické památky jihočeské pozdní gotiky. V průběhu husitských válek bylo město dvakrát dobýváno husitskými. Druhý útok byl pro město a jeho obyvatele tragický - většina obyvatel byla pobita, někteří byli upáleni v sakristii kostela. Prachatice se dostaly do rukou táboritů. Po vyhlášení kompaktát Prachatičtí uznali Zikmunda za krále a v r. 1436 bylo město přijato mezi města královská. Obdobím největšího rozkvetu bylo pro Prachatice 16. století. Obchod na stezce dosáhl v 16. st. vrcholu. Nejlépe je bohatství a rozkvět renesančních Prachatic vidět na počtu zachovaných stavebních památek. 16. století bylo obdobím nejživější stavební činnosti, často za účasti vlašských stavitelů. V letech 1570-1571 byla vybudována radnice (Dnes nazývaná Stará radnice). Její průčelí s renesančními okny je pokryto malbou. Rozšiřování domů směrem do ulice (ve formě klenutého mázhauzu), dílčím přestavbám či úpravě vnitřních prostor domu věnovali pozornost i samotní majitelé domů. Krásnými renesančními malbami byla zdobena řada průčelí i vnitřních místností domů přímo na výstavném náměstí. 11. března 1620 město přísahalo věrnost králi Fridrichu Falckému a postavilo se tak na stranu českých stavů. 27. září 1620 podlehli Prachatice útoku vojsk generála Karla Buqoye. Mnoho měštanů bylo povražděno. Během třicetileté války obchod na Zlaté stezce neustále upadal až byl počátkem 18. st. zastaven úplně a již se jej nepodařilo oživit. Roku 1832 postihl Prachatice velký požár, kdy bylo poškozeno celkem 137 domů, včetně kostela sv. Jakuba..