
Jednu z nejvýznamnějších památek rožmberské vrcholné gotiky lze většinou obdivovat jen z uctivé vzdálenosti. Nepřístupný je mimo čas bohoslužeb (neděle od 8.00) totiž i bývalý hřbitov, který kostel obklopuje.
století byl postupně nahrazen vrcholně gotickou novostavbou, kterou podnikli Jan z Rožmberka a Eliška Rožmberská z Halsu. Tehdy byla ustavena i samostatná bavorovská farnost. Nejstarší částí dnešního kostela je závěr, který se skládá z presbytáře, zakončeného polygonálně, a příčné lodi. Datum dokončení závěru udává nápis, zakrytý dnes hlavní oltářem (1373). Ve druhé etapě bylo místo původně zamýšlené jediné lodi, která měla mít stejnou šíři jako presbytář, postaveno dvojlodí o šířce shodné s délkou transeptu. Ještě před vypuknutím husitských válek byla vztyčena v severním koutě presbytáře hranolová věž, k níž přiléhá soudobá sakristie a válcová schodišťová věžice. Výrazem rostoucího sebevědomí městské obce v době, kdy Bavorov náležel městu Prachatice, byla stavba velké věže u jihozápadního nároží dvojlodí (1604, Petr Vlach z Vodňan). Roku 1649 kostel vyhořel, eggenberský stavitel P. Spineta nahradil zřícenou klenbu dvojlodí barokním trojlodím s pilíři, které nově vymezily hlavní loď o šířce presbytáře. Poslední živelnou pohromou, která kostel postihla, byl požár 9. 9. 1867. Ten zasáhl zejména velkou věž, zničil i všechny zvony na ní zavěšené. Opravu do roku 1869 provedl opravu písecký stavitel Špirhanzl. Současnou podobu kostel získal regotizací, kterou podle plánů Josefa Mockera provedl J. Sedláček v letech 1905–08. Restaurace nebyla zejména v interiéru příliš dogmatická, takže zůstala zachována barokní klenba trojlodí i většina vnitřního zařízení. Zatím poslední velká oprava kostela proběhla v roce 2007.