
Kostel je částí původně plánovaného většího, nikdy nedostavěného gotického chrámu ze 14. století. Byl pravděpodobně založen při špitále křižovníků s červenou hvězdou, jehož vznik povolil roku 1352 císař Karel IV. Jedna z domněnek dává vznik kostela do souvislosti s působením augustiánských mnichů z kláštera ve Windbergu, kteří měli v nedalekých Albrechticích újezdní klášter. Jejich klášter přímo v Sušici zřídil údajně král Jan Lucemburský na přání své zemřelé manželky Elišky Přemyslovny. Klášter byl vypleněn po roce 1339 a nebyl nikdy obnoven. Jeho základy se našly při vykopávkách na ploše hřbitova kolem kostela. První známá zmínka o kostelu pochází z roku 1402. V polovině 15. století byla na jižní straně kostela přistavěna Kabátovská kaple s pozoruhodnou hvězdovou klenbou, zasvěcena Panně Marii Bolestné. Roku 1592 poničil kostel požár. Při obnově chrámu vznikla současná věž i chrámová klenba. Roku 1691 byla na severu přistavěna Gerlovská kaple, zasvěcená sv. Šebestiánovi. V roce 1707 poškodil kostel další požár. Obnoven byl v roce 1944. V roce 2000 byl opraven interiér i exteriér kostela.