
Zařízení je převážně barokní z počátku 18. století. Hlavní oltář vznikl v roce 1720, je bohatě zdobený sochami andělů a světců. Oltářní obraz znázorňuje sv. Markétu, které se klaní rodina místního havíře. Kromě barokního mobiliáře je v kostela gotická kamenná křtitelnice, dřevěná soška Panny Marie ze 16. století, náhrobníky ze 16. až 18. století. V monstranci jsou hrudky zlata těženého kdysi v okolí. Vitráže v presbytáři jsou z konce 19. století a znázorňují sv. Markétu, Linharta a Madonu.
Na vnější stěně presbytáře je připevněn Kohoutí kříž z Nicova (Arma Christi) znázorňující nástroje Kristova umučení. Byl zhotovený roku 1890 z kovaného železa a stříhaného plechu. Podobný kříž stojí u potoka ve vesnici Úbislav (okr. Prachatice).
Linhartu, byl postaven ve 2. polovině 14. stol. Jeho vznik souvisí s rozvojem města, založeném na Lucemburky podporovaném rozvoji důlní činnosti v okolí. Gotická trojlodní bazilika byla poškozena požárem v roce 1863 a byla novogoticky přestavěna roku 1883. Tehdy byla postavena nová věž v západním průčelí..