Klášter založil Půta Švihovský na přelomu 15. a 16. století zřejmě na místě původního špitálu. Konvent zanikl 1599, obnoven jako minoritský 1621. Zredukován za josefínských reforem (1784), zanikl 1814. V letech 1853–1952 tu působily školské sestry, které provedly řadu úprav včetně stavby velké věže.
Klášter františkánů, později minoritů s kostelem Archanděla Michaela, poté školských sester s kostelem Panny Marie v Horažďovicích
První zmínka o kostele Archanděla Michaela před východními hradbami Horažďovic pochází z roku 1330. Jeho stavbu financoval zdejší měšťan Theodorik, zvaný Mečíř. Jeho rodina kostel vydržovala do konce 15. století. Poloha před hradbami nedaleko mostu přes Otavu umožňuje uvažovat o tom, že při kostele existoval špitál. Na přelomu 15. a 16. století uvedl ke kostelu františkány majitel Horažďovic Půta Švihovský z Rýzmberka, který zde byl po své smrti roku 1504 pohřben. Mniši měli zabránit odklonu města od katolictví, tuto misi však vzhledem k vývoji situace v celé zemi nemohli splnit. Přechod měšťanů k luterství zbavil klášter materiální podpory natolik, že roku 1599 společenství zaniklo. Po zahájení rekatolizace země byl roku 1621 klášter císařem Ferdinandem II. obnoven jako minoritský. Po skončení třicetileté války došlo k barokním úpravám, které se nedotkly pozdně gotické podstaty kostela a křížové chodby. Příkazem Josefa II. z roku 1784 byl zredukován počet mnichů z 24 na 14. Konvent nadále skomíral, až byl roku 1814 zrušen. Budovy byly nadále utilitárně využívány. Od 16. 10. 1853 patří areál řádu školských sester, které zahájily jeho úpravy pro potřeby své činnosti. V jejich rámci došlo i k novému svěcení předtím zrušeného kostela, který přitom dostal nové patrocinium. Zevně nejviditelnější změnou byla stavba velké západní věže roku 1935. Jeptišky byly násilně vystěhovány roku 1952, klášter poté sloužil i nadále jako škola. Řád se sem vrátil po roce 1990 a zajišťuje zde výuku ve své škole, v části areálu nadále působí státní střední škola.
Ivan Grisa, 7.9. 2011