
Kostel sv. Jana Nepomuckého byl postaven na místě původního kostela a kláštera, který byl zničen v době husitských válek.
Sloužil jako farní a obklopoval ho hřbitov. Stála zde druhá boleslavská johanitská komenda, zaniklá počátkem husitských válek. Po jejich skončení se stal filiálním k mariánskému kostelu. Od roku 1590 sloužil rozrůstající se německé luterské obci, po Bílé hoře se vrátil katolíkům. Vzhledem k poškození za třicetileté války došlo roku 1727 k výstavbě nového kostela s původním zasvěcením. Od roku 1787 sloužil jako posádkový, pro zchátralost byl uzavřen. Roku 1812 byl vyklizen (hlavní oltář přenesen do kostela sv. Havla), sloužil jako skladiště. Bohoslužby byly obnoveny roku 1816 již s novým zasvěcením. V letech 1902 – 04 proběhla novobarokní úprava fasády. Hodnotné vnitřní zařízení, částečně pocházející z bývalého kláštera v Lysé n. L. Generální rekonstrukce proběhla v letech 1988 – 2002..