
Někdejší ves a později hospodářský dvůr Milkovice leží v těsné blízkosti vedlejší silnice spojující město Libáň na silnicích II/280 a II/501 s městem Dolní Bousov na silnici II279. Lokalita se nachází na katastrálním území vsi Záhuby, která je nyní místní částí obce Zelenecká Lhota. Na místě někdejšího dvora s tvrzí se nyní nachází jen moderní objekt zemědělsko-průmyslového provozu, starší objekty dvora a bytový dům pro zaměstnance. U nich končí nedlouhá slepá odbočka silnice. V místě vlastní tvrze pod dvorem u potoka Záhubky stojí nyní rekreační domek.
1532, kdy ji majitelka Barbora z Kolomut postoupila spolu s dvorem a čtyřmi vesnicemi svému manželovi Janu Stráníkovi z Kopidlna. Po jeho smrti získal Milkovice r. 1551 Jiří Klusák z Kostelce, který je ještě téhož roku prodal Janu Rašínovi z Rýzmburka, tehdy majiteli sousedního starohradského panství. Spojením majetků tvrz ztratila své opodstatnění a zpustla. Jako pustá je naposled zmíněna r. 1567 při prodeji panství Staré Hrady. Z bývalých Milkovic se dochoval jen dvůr. Terénní stopy po někdejší tvrzi převážně zanikly při výstavbě nových objektů a inženýrských sítí. Vlastní tvrz však nestála přímo v areálu dvora, nýbrž pod ním pod hrází bývalého rybníka na potoce Záhubka. Na jejím místě se nyní nachází rekreační domek. Existenci tvrze dokládají dosud zachované podzemní prostory v jeho blízkosti..