
Jednolodní kostel s pětibokým presbytářem, s opěráky, s hranolovou věží na jižní straně (40 m) se sakristií v přízemí, na severní straně je presbytář s předsíňkou.
Pětiboký presbytář je sklenut paprsčitě klenbou s výsečemi, s raně barokní freskou Narození Krista.
Loď kostela je sklenuta třemi poli křížové klenby, nad bočními kaplovými výklenky jsou empory (nadzemní přístupné galerie), které zdobí obrazy v rokajových rámech z 2. poloviny 18. století. Hlavní oltář Nejsvětější Trojice je z roku 1677, roku 1851 byl obnoven. Portálový, s obrazem z roku 1693 a se sochami sv. Petra, sv. Pavla, sv. Vojtěcha a sv. Václava. Kazatelna je z konce 17. století, výrazně byla obnovena roku 1851. Polychromie vnitřku kostela byla provedena ve 20. století dle návrhu F. Kysely jeho žáky.
Kruchta je podklenuta křížovou hřebínkovou klenbou, podepírají ji hranolovité pilíře. V čele kruchty je mariánský obraz z roku 1726 se siluetou města. Pod kruchtou je socha Immaculaty z 1. poloviny 18. století.
Sakristie je zaklenuta valenou klenbou s výsečemi. V předsíni kostela je náhrobník Jana ze Štubenberka z roku 1570.
V ochozech patra jsou mj. obrazy V. Hellicha z poloviny 19. století. Ve výklenku kostelní zdi vlevo od vchodu je socha sv. Jakuba původně z průčelí zrušeného kostela svatého Salvátora.
V roce 1526 kostel vyhořel při požáru města, díky finanční pomoci i z jiných měst byl však rychle opraven a r. 1527 se v něm opět konaly bohoslužby. Opravy byly dokončovány postupně – roku 1527 byla postavena šindelová střecha s vížkou, roku 1528 byla vybudovaná dřevěná předsíň a tesař upravoval interiér kostela. Roku 1534 za Vojtěcha z Pernštejna byl kostel přestavěn, nově byl postaven presbytář a zadní kůr. Kostel měl mohutný trojúhelníkový štít zdobený čtvrtkruhy vlaštovčích ocásků (zjednodušen roku 1835). Nová fara, stavebně spojená s kostelem, byla upravena ze staršího domu v letech 1534–1535. Roku 1540 byl kostel přestavěn Janem z Pernštejna – nad starou sakristií byla přistavěna nová věž se schodištěm. Roku 1556 byla přestavěna fara a kostel byl v přízemí prodloužen pod její první patro, současně byl přistavěn nový přístup na kůr schodištěm z náměstí. Roku 1815 se zřítila část střechy, následně byla opravena díky finanční podpoře knížete Karla z Dietrichsteina, stejně jako roku 1817 střecha nad presbytářem, která byla při opravě doplněna sanktusníkem. V letech 1821–1822 byl kostel obnoven (interiér), mj. byla v lodi zvýšena podlaha a byla zrušena hrobka Stubenberků (založena Rudolfem ze Stubenberka (1588–1620), který si zvolil jako první z rodiny Stubenberků Nové Město nad Metují za své trvalé sídlo). Původní gotický presbytář kostela je sklenut paprsčitě klenbou s výsečemi, s raně barokní freskou Narození Krista. Zařízení kostela je ze 17. a 18. století, obnovované r. 1851. Původní varhany z roku 1656 (postavil Jiří Wendt z Křešova) přestavěl roku 1851 varhanář Amadeus Hanisch. V předsíni kostela je náhrobník Jana ze Štubenberka z roku 1570. Následně byl kostel renovován v letech 1922 a 1973 (mj. polychromie vnitřku kostela, provedena dle návrhu F. Kysely jeho žáky). Kostel je chráněný jako kulturní památka ČR..
Ve Starém zákoně výslovná zmínka o Bohu jako o Trojici není. Tu nacházíme v Novém zákoně, v Matoušově evangeliu (28, 19–20) ve formulaci, přikazující křtění ve třech jménech (ne nutně osobách). Formulace zní: "Jděte ke všem národům a získávejte mi učedníky, křtěte je ve jméno Otce i Syna i Ducha Svatého a učte je, aby zachovávali všecko, co jsem vám přikázal." (Ježíš Kristus). Trojjedinost byla závazně definována roku 381 na prvním konstantinopolském koncilu. Podle některých odborníků tento výrok takhle Ježíš nevyslovil, a posun významu k trojjičnosti je spíše odrazem pozdější reflexe, odpůrci poukazují na to, že představa trojice odporuje absolutnímu monoteismu. Odborníci se v názorech rozcházejí..