
Kostel se hřbitovem jako pozůstatek zaniklé vsi Lepějovice se nachází v lese jihovýchodně od obce Valy. Lepějovická ulice odbočující v obci ze silnice II/342, která spojuje Valy s Heřmanovým Městcem, se brzy změní v úzkou silničku a vede až ke hřbitovu. Lepějovice jsou pěšky dostupné od železniční zastávky Valy u Přelouče na hlavní trati 010 z Prahy do Pardubic nebo od zastávky Veselí u Přelouče na lokální trati 015 z Přelouče do Heřmanova Městce, od níž vede ke kostelu i turistické značení.
V blízkosti kostela se hřbitovem se nacházejí stopy po středověké lepějovické tvrzi (viz samostatné heslo), která byla opuštěna koncem 15. století. Tvrziště bylo chráněno potokem zvaným Struha. Jeho tok hluboce zaříznutý do hlinitého podloží je od r. 1980 přírodní památkou zvanou Meandry Struhy na rozloze 41,5 ha. Chráněny jsou rovněž zbytky přilehlého lužního lesa, který se zachoval zejména v místech zaniklých rybníků.
Již v té době byla ves rozdělena na dvě části; jedna část s tvrzí byla majetkem olomouckého biskupa, druhá byla zřejmě majetkem rytířským, avšak z doby předhusitské se o ní nedochovaly žádné zprávy. Kolem r. 1437 byly obě části spojeny do vlastnictví rytíře Bohuňka ze Svinčan. Posledním obyvatelem lepějovické tvrze byl Václav Lepějovský ze Zásmuk, který r. 1491 přikoupil ves a strategicky výhodnější tvrz ve Valech, na niž přesídlil, zatímco lepějovická zůstala opuštěna a zanikla. Když r. 1513 koupili Valy s Lepějovicemi rytíři Dobřenští z Dobřenic, začali na panství budovat rybníky, jimž padla za oběť značná část lepějovických pozemků. Koncem 16. století tak ze vsi zůstal jen kostel a dva velké grunty. Za třicetileté války byly sice Lepějovice vypáleny, ale oba grunty i kostel byly brzy obnoveny. Zanikly však neudržované rybníky. K zásadní změně došlo po r. 1703, kdy byly Valy s Lepějovicemi připojeny k choltickému panství. V r. 1706 nechal choltický hrabě Thun rozparcelovat sousední nerentabilní dvůr Veselí a k novým usedlostem byla připojena i lepějovická pole. Lepějovičtí hospodáři přesídlili na nové grunty ve Veselí a Lepějovice jako ves počátkem 18. století zanikly. Na místě jednoho z gruntů pak vyrostla v polovině 18. století barokní myslivna. U kostela vznikla koncem 17. století barokní budova původně jako domek pro kostelníka a hrobníka, od konce 18. století sloužila do r. 1829 jako škola a poté se stala hájovnou. Objekt byl r. 1969 zbořen a na jeho místě je nyní parkoviště pro návštěvníky hřbitova. Kostel sv. Michaela archanděla zůstal opuštěn na hřbitově a stal se samotou v lese. Po poškození v třicetileté válce byl důkladně přestavěn až r. 1819 a při další opravě r. 1889 do něj firma Schiffner instalovala nové varhany. Dnes je to jednolodní stavba s polygonálně uzavřeným presbytářem a sakristií na severní straně. Vnitřek je plochostropý se širokým triumfálním obloukem. Hlavní oltář se soudobým obrazem pochází z konce 17. století, na severní straně lodi se pak dochoval hodnotný a rozměrný obraz sv. Tomáše Akvinského z 1. poloviny 18. století. V současnosti je lepějovický kostel sv. Michaela archanděla filiálním kostelem farnosti Choltice, avšak k církevním účelům není využíván a je trvale uzavřen. Plně funkční však zůstává přilehlý hřbitov.