
Kdy vzniklo v Netunicích panské sídlo nevíme, stalo se ta však nejpozději ve druhé polovině 14. století, kdy se potomci Viléma z Nebílova psali „sezením na Netunicích“. Kde však stálo a jak vypadalo nevíme, první výslovná zmínka z roku 1548 se vztahuje až k současné stavbě, která byla postavena nejspíše až po roce 1500 v severní části vsi při severovýchodním nároží poplužního dvora. V rozporu s touto datací je pouze výstup dendrochronologické analýzy stojky vstupu severního křídla, jejíž dřevo bylo pokáceno již někdy po roce 1423.
Dnes je to po přestavbě na hospodářskou budovu v 18. století velká patrová dvoukřídlá budova na půdorysu písmene L. Průjezd umístěný poněkud neorganicky při vnější straně kratšího jihozápadního naznačuje, že bylo původně delší a v blíže neurčené době bylo ubouráno. Na jeho západní fasádě se dochovaly zbytky renesančních sgrafit. Podobu interiérů do značné míry setřela barokní přestavba na hospodářské stavení, původní rozdělení se dochovalo pouze v části přízemí poblíž styku obou křídel. Z průjezdu bylo přístupné původní schodiště (to bylo později zrušeno a nahrazeno novým při západní fasádě) a dalších tří místností v přízemí, které jsou zaklenuty valenými klenbami s výsečemi.
Zbytek přízemí byl při úpravách nově rozdělen a zaklenut, místnosti sloužily převážně jako stáje a skladovací prostory. V patře byly při přestavbě na špýchar vybourány všechny příčky, obdélné okenní otvory byly zazděny zcela či zazdívkami zmenšeny na typická ležatá sýpková okénka.
Dnes je dlouho zanedbávaná tvrz ve špatném stavu, poškozenými krovy a střechou do budovy zatéká, zdivo a stropy jsou staticky narušené, poškozeny jsou i omítky včetně zbytků renesančních sgrafit.
Po Anně, manželce Racka z Nebílova zdědil část Netunic jejich syn Vilém z Nebílov, jehož potomci se psali již s predikátem „sezením na Netunicích“ a později Netuničtí z Netunic. Ves drželi až do druhé poloviny 16. století, roku 1548 je poprvé výslovně zmíněna zdejší tvrz s poplužním dvorem a vsí, kterou si bratři Jan a Hynek Netuničtí z Netunic vložili do obnovovaných zemských desek jako dědictví vydržené po zemřelém otci Jaroslavovi. Jan brzo zemřel a po smrti druhého z bratrů Hynka roku 1572 Netunice zdědila jejich sestra Dorota z Nebílov. Po její smrti je sled majitelů nejasný, ke konci 16. století držel Netunice Josef Úlický z Plešnic, roku 1615 se „seděním na Netunicích“ píše jeho syn Apolon Ladislav Úlický z Plešnic. Roku 1630 koupil netunické zboží Petr Hartenbergár, jehož syn Jan prodal r. 1643 tvrz Netunice, dvůr a ves plzeňskému měšťanovi Mikuláši z Trewhof. Od něj je r. 1666 koupili Jan Jindřich Šeftinger z Roersdorfu s manželkou. Těm byl pro velké dluhy roku 1672 soudně prodán a krátce poté Engelové z Engelflusu připojili Netunice k sousedním Nebilovům, a s nimi roku 1715 Kokořovcové z Kokořova ke Šťáhlavům. Noví majitelé již nepotřebovali staré sídlo a v 18. století jej přestavěli na sýpku panství, od té doby bylo zboží již jen malou součástí významnějších panství. Po konfiskaci po roce 1948 sloužila tvrz s poplužním dvorem zdejšímu zemědělskému družstvu, po roce 1989 byla v restitucích navrácena potomkům původních majitelů.