
Klášter byl založen při vzniku města Nová Plzeň roku 1295. Kostel byl v původní gotické podobě dostavěn do roku 1350, souběžně probíhala stavba konventu. Minority ohrožoval krátkodobý přechod města do husitského tábora (1419–20), po vítězství katolíků klášter nadále fungoval, byť s omezeními, danými válečnou situací. Budovy poškodilo obléhání města v letech 1433–34.
Roku 1460 převzali klášter františkáni - observanté. Podmínkou schválení převodu králem Jiřím z Poděbrad byla resignace na klášterní majetek ve prospěch města, které se zavázalo jej dále spravovat.
Během 16. století se i do dříve pevně katolické Plzně šířilo luterství. To omezovalo příjmy kláštera, které pramenily především z almužen a odkazů. Roku 1574 zde žili jen dva bratři a stavební stav komplexu se prudce zhoršoval. Ke zlepšení napomohla až postupná rekatolizace města od počátku 17. století.
Barokní úpravy komplexu probíhaly téměř po celé 17. a v I. polovině 18. století. Klášter unikl zrušení za Josefa II., počet mnichů se však významně snižoval. V 19. století byly budovy opravovány v souvislosti s výstavbou v okolí (oprava kostela, nová ohradní zeď do ulice). Konvent byl rozehnán roku 1950, budova připadla sousednímu museu.
Po roce 1990 převzala areál znovu církev. Celý klášter byl opraven, sídlí zde farnost katedrály sv. Bartoloměje, úřady diecese a diecézní muzeum.