
Stavbu kostela podnikl roku 1406 plzeňský měšťan Vít Malíř, který zde vlastnil vinici. Některé architektonické články napovídají na existenci starší svatyně (kolem poloviny 14. století). Roku 1414 Václav IV. povolil plzeňským zřízení hřbitova kolem kostela. Zde byla pohřbívána městská chudina, později nekatolíci. Kostel prošel několika úpravami (1599, 1739–44, 1800, sakristie 1909). Od josefínského zákazu pohřbívání uvnitř měst se mikulášský hřbitov stal prestižním pohřebištěm významných obyvatel města, dochován bohatý vzorek funerální plastiky z 18.–19. století. Jedním z posledních pohřbených byl Emil, rytíř Škoda (zemřel roku 1900). V severní části hřbitova se nachází hrob Josefa Kajetána Tyla, který v Plzni zemřel. U něj je pohřebiště plzeňských divadelníků a symbolický náhrobek Františka Škroupa, autora hudby písně Kde domov můj? Po roce 1945 areál značně zchátral, kostel byl obnoven v 80. letech 20. století, dnes slouží řeckým katolíkům.