
Trojlodní bazilika svatého Štěpána, skvostná to památka evropské středověké architektury, stojí na svém místě (pyšníc se např. osmibokou kryptou sv. Kateřiny s křížovou klenbou či nástěnnými malbami z počátku 15. stol.) již téměř 750 let. Dodnes tvoří nejvýznamnější dominantu dálkových pohledů na město, kdy dvojici masivních věží doplňuje samostatně stojící zvonice. Současný vzhled – spolu s částí interiéru – pochází z puristické přestavby J. Mockera z přelomu 19. a 20. století. Velmi zajímavá sbírka náhrobních kamenů (z konce 16. a 17. století) zdobí jižní, východní i severní průčelí.
Sv. Štěpán však není jedinou kouřimskou architektonickou památkou celorepublikového významu. Město se totiž může pochlubit nejzachovalejším fortifikačním systémem u nás, který se také jako jediný může honosit titulem Národní kulturní památka.
Za jejím uzávěrem je schodišťová věž s točitým schodištěm. Tím se vchází do jižní věže. Dříve byly obě věže o patro vyšší a spojoval je můstek. Je možné, že věže plnily i strážní fukci a proto měly zvláštní vstup. Mohutné věže stojí po stranách presbytáře. Západní portál byl novogoticky upraven, původní je jen část ostění. V severním průčelí jsou dvoudílná zdobná okna a portál – původní z let 1260–70. Portál je zdoben polosloupky s hlavicemi s listovím a polokruhovým tympanonem. V přízemí severní věže je kruhové okno s profilovaným ostěním. V jižním průčelí je portál pseudogotický a široká trojdílná okna pocházejí ze 16. století. Okna presbytáře mají částečně původní kružby. Sakristie má úzká gotická okna a původní pravoúhlý odstupňovaný portál s původními dveřmi. Boční lodě jsou od hlavní oddělené pilíři s hrotitými arkádami. Presbytář i všechny lodě jsou sklenuty křížovou žebrovou klenbou. Výzdoba patek a konzol je většinou pseudogotická z let 1876–77. Po obou stranách presbytáře jsou raně gotické sedilie. Výklenkový sanktuář pochází z konce 14. století, stejně jako novější arkýřové pastoforium (místa pro ukládání liturgických nádob a hostií). Pod presbytářem se nachází krypta z doby výstavby kostela s hvězdovou žebrovou klenbou – dnešní kaple sv. Kateřiny. Kruchta je v západní části lodi. Původně byla v kostele románská kazatelna (zřejmě sem přenesená z některého z kostelů, které stávaly na blízkých hradištích), její část je uchovávána v lapidáriu Národního muzea v Praze. Byla nesena kamennou obludou stojící na dvou lvech. Ve vnějších zdech kostela je zasazeno 16 renesančních náhrobníků (16. a 17. století)..
Kateřiny Alexandrijské. Jedná se o osmiboký prostor pod závěrem presbytáře, sklenutý na střední sloup. Označení krypta není patrně zcela přesné. Jednak se vzhledem ke sklonu terénu kolem kostela nenachází zcela pod zemí, jednak nikdy nesloužila jako pohřebiště. Její přesný účel není známý, dvě symetrické chodby, které sem směřují z obou závěrů bočních lodí a zprávy o nálezu ukrytých ostatků pod kostelem nasvědčují možnosti, že mohlo jít o kapli určenou k uchovávání a vystavování relikvií v době svátků. Obkročná trojpaprsková pole klenby vytvářejí hvězdici. V celkem 24 klenebních polích byla objevena nástěnná malba ze 14. století, která zobrazuje andělský chór. Malba je výjimečná nejen z hlediska výtvarného, ale i pro poznání soudobých hudebních nástrojů. Na západní stěně kaple je umístěn malovaný triptych. Jeho levé pole zobrazuje výjevy z legendy o svaté Kateřině, v prostředním poli je vyobrazeno Ukřižování, vpravo nepříliš zřetelné zbytky pravděpodobně umučení sv. Kateřiny. Na východní stěně jsou zachovány terakotové sochy "morových" světců z doby po roce 1714, jedna z mála součástí barokního zařízení, která přežila běsnění regotizatorů..
K další přestavbě došlo v roce 1581. V roce 1659 shořela věž a střecha, k dalšímu požáru došlo v roce 1670. Tehdy vyhořely obě věže a zřítil se spojovací můstek mezi nimi. Věže byly tehdy sníženy o jedno patro. V letech 1707 a 1740 byl opravován vnitřek chrámu. V roce 1741 dostaly věže cibulovité báně. Roku 1811 byla jižní věž a krypta poškozeny bleskem. V roce 1836 proběhla oprava západního štítu. V letech 1876–77 byl kostel pseudogoticky upraven J. Schulzem. K posledním úpravám došlo v počátku 20. století, kdy byl regotizován K. Hilbertem a dostal nové západní průčelí. Poslední důkladná rekonstrukce probíhá postupně od 90. let 20. století. Postupně byla obnovena jižní věž, zčásti interiér a krypta, v zatím poslední etapě během roku 2015 byla opravena severní věž a restaurovány renesanční náhrobníky druhotně osazené do vnějších zdí kostela. V další fázi oprav je v plánu dokončení prací na severní věži, statické zajištění zdiva, oprava severní fasády.