
Na návrší severně od pozdějších městských hradeb se od poloviny 13. století rozkládala osada Stará Kutna (Cuthna Antiqua), v jejímž rámci byl založen pravděpodobně ještě pozdně románský kostelík Všech svatých. Jeho podobu změnila pozdně gotická přestavba, z níž se zachoval reliéf anděla, nesoucího městský znak v jižní stěně hranolové věže. Ta je zřejmě jedinou zachovanou částí původního kostela, jak dokládá raně gotický vstupní portál.
V letech 1698–99 kostel razantně přestavěl v Kutné Hoře usedlý italský stavitel Giovanni Battista Spinetti de Angelo (smlouvu o provedení podepsal 21. 6. 1698). Jednalo se pravděpodobně (s výjimkou věže) prakticky o novostavbu. Kostel tehdy a v následujících desetiletích získal barokní vnitřní zařízení.
Hřbitov byl později několikrát rozšířen a dodnes je hlavním kutnohorským pohřebištěm s řadou funerálních památek.