
Nevelká obec Rataje leží severně od Bechyně nad říčkou Smutnou. Prochází jí vedlejší silnice spojující Bernartice a Dobronice u Bechyně. V současnosti tu žije asi 200 obyvatel. Tvrziště se nacházelo mezi pravým břehem Smutné a další místní vodotečí. Bylo lokalizováno v zahradě domu č. p. 25, který se nachází severně od kostela Nejsvětější Trojice a obecního úřadu.
V roce 1368 vlastní Rataje Jan z Podole a patří k panství Podole. V roce 1382 drží svůj díl Purkart z Rataj, který v před rokem 1385 umírá a jeho díl přechází na bratry Onše a Beneše z Podole, pravděpodobně synům Jana z Podole. Část vsi od roku 1368 je připojena k panství Podolí. V roce 1415 patří druhá část vsi k Dobronicím a nejpozději tím funkce zdejšího sídla zaniká. Další zmínka o Ratajích je až z roku 1477, kdy při dělení majetku Jana Buriana Bechyně z Lažan přebírá jeho syn Burian s Bernarticemi dvůr a ves Rataje. Tvrz zaniká nejpozději začátkem 15. století. V roce 1594 prodává Rataje Petr Bechyně z Lažan Kryštofu Hozlauerovi z Hozlau. Ten si zde staví prosté obydlí, které stálo při už stojícím dvoře. Po stavovském povstání je zemřelému Jindřichovi staršímu Hozlauerovi z Hozlau majetek zabaven, v roce 1623 prodán Adamovi ze Šternberka a připojen k panství Bernartice..