
První zmínka o Chotovinách pochází roku 1266, kdy je v záznamu soudního sporu Hynka z Vlašimě a Racka z Tožic uváděn svědek Bořislav z Chotovin. Osídlení Chotovin je však nepochybně starší – archeologické nálezy z okolí kostela ukazují na osídlení z 9. až 12. století. Obec vlastnili od roku 1345 do 16. století pánové z Rožmberka. Dnešní obec vznikla spojením dvou osad – Chotovin (které stávaly na kopci okolo kostela) a Vlkančic (v prostoru jižně od zámku) v 16. století.
Zámek stojí na místě vlkančické tvrze doložené již ve 13. století. Tvrz spolu s panstvím často střídala majitele. Roku 1706 kupuje panství včetně tvrze Anna Marie Nosticová. Za jejího dědice Jana Karla Soyera je sídlo v Chotovinách uváděno jako zámek. Jan Karel Soyer panství zadlužil, proto se roku 1760 Chotoviny stávají majetkem jezuitů Od nich panství získal v roce 1768 Kašpar hrabě Migazzi a na místě tvrze vybudoval v letech 1770 až 1780 klasicistní zámek. Po jeho smrti panství zdědil jeho bratr, kardinál Bartoloměj Migazzi. Roku 1806 koupil panství pražský měšťan Jan Nádherný, později povýšený do šlechtického stavu. Baron Nádherný provedl novorenesanční úpravu zámku a kolem něj založil anglický park o rozloze 22,5 ha. Pro svou dendrologickou hodnotu je chráněn jako památka I. kategorie. Dnešní podoba zámku je z roku 1873. Při vojenských manévrech v letech 1903 a 1913 pobýval na zámku následník trůnu Ferdinand d´Este. Rod Nádherných vlastnil zámek do roku 1945. V roce 1945 byl zámek zkonfiskován a rodina uprchla nejprve do Rakouska a posléze do USA. V zámku byla umístěna škola. Po restituci v roce 1997 je zámek opět v držení rodu Nádherných. Škola budovu opustila v roce 2001 a po té proběhla rozsáhlá rekonstrukce. Po krátkém zpřístupnění rodina Nádherných zámek prodala a noví ruští vlastníci ho nezpřístupňují.