
Areál Václavského hřbitova se nachází jižně od železniční stanice nad křižovatkou silnic do Strážného (I/4) a Vodňan (I/22). Hřbitov je během dne přístupný, lze nahlédnout do interierů obou kaplí. Kostel neslouží pro pravidelné bohoslužby a je tak prakticky nepřístupný.
Někdy během první poloviny 14. století byla do severozápadního koutu lodi vložena zvonová věž. Předpokládané poškození kostela během husitských či „poděbradských“ válek si vynutilo velkou pozdně gotickou přestavbu. Tu dokládá krov nad lodí i presbytářem sestavený z trámů, ze dřeva smýceného v zimě 1474/75. V letech 1542 a 1580 získal kostel nové zvony, pro které byla zřejmě upravována horní partie věže. Ves se naposledy připomíná roku 1575, zanikla zřejmě ještě před třicetiletou válkou. Od počátku 80. let 16. století slouží svatyně jako jediný hřbitovní kostel pro celou strakonickou aglomeraci, zároveň zde sídlila i farnost (viz též kostel sv. Markéty). V letech 1578–90 proběhla za velkopřevora Kryštofa z Vartenberka renesanční přestavba (zejména plochostropá loď). Dnešní podobu dala kostelu přestavba roku 1738 spojená se jménem význačného stavitele Anselma Luraga, který v té době pravděpodobně zastával pozici řádového stavitele johanitů. Zdivo lodě, presbytáře a kaple bylo výškově sjednoceno, věž dostala nové zvonové patro, přeřešeno bylo západní průčelí a fasády. Barokizován byl i interiér lodi, během následujícího desetiletí byly také pořízeny četné součásti mobiliáře (mimo jiné nový hlavní oltář)
Roku 1787 byla fara přenesena ke hradnímu/klášternímu kostelu svatého Prokopa povýšenému na děkanství. Václavský kostel poškodilo spojenecké bombardování strakonického nádraží 29. dubna 1945. Naštěstí nedošlo k přímému zásahu, škody způsobené tlakovou vlnou po výbuchu bomb byly hned po skončení války opraveny. Zatím poslední částečná rekonstrukce proběhla v letech 1969-71, po roce 1999 byl také opravován krov nad kaplí sv. Michala. Součástí rozsáhlého hřbitovního areálu (postupně několikrát rozšiřovaného) je kamenná ohradní zeď se západní branou, osazenou reliéfy z původního vchodu z roku 1636, a dvě barokní kaple: svatého Vojtěcha jižně od kostela (pohřebiště maltézských kněží) a Nejsvětější Trojice z roku 1680, založená měšťanem Martinem Mayerem (pohřebiště významných strakonických občanů).