
O zřízení františkánského kláštera se město Uherské Hradiště snažilo od roku 1333. Teprve na konci 15. století založil v Hradišti františkánský klášter Jan Filipec, administrátor olomoucké diecéze. První skupina františkánů do města přišla na podzim 1491. Biskup Jan Filipec v nově založeném klášteře zemřel v roce 1509 a byl zde pochován.
Od první čtvrtiny 16. století se město stávalo více a více luteránské a roku 1543 provinciální rada františkánů rozhodla, že má komunita Hradiště opustit. Došlo k tomu v květnu 1543. Část bratří se později do kláštera vrátila, v roce 1554 však všichni místní františkáni zahynuli při morové epidemii. Do kláštera se řeholníci vrátili v roce 1605, kdy byla vypuzena františkánská komunita ze slovenské Skalice. Za stavovského povstání v roce 1619 byl klášterní kostel jediným místem katolické bohoslužby ve městě. Po porážce povstání se klášter stal centrem rekatolizace. V letech 1657 – 1658 byl významně barokně přestavěn a rozšířen. Na konci 17. století byl poškozen požárem, byl však brzo znovu vybudován. Další požár klášter poškodil v roce 1894. V první polovině 20. století zde františkáni zamýšleli vybudovat ústřední františkánskou studentskou kolej, realizaci tohoto plánu znemožnila 2. světová válka a poválečný vývoj. V roce 1950 byl klášter zrušen, jeho prostory sloužily jako archiv. K obnovení řeholního života zde došlo v roce 1990. V prosinci 2020 nabídli františkáni areál kláštera, pro nějž nemají využití a je pro ně spíše břemenem, k odkoupení městu Uherské Hradiště. V únoru 2021 zastupitelstvo města odkoupení areálu schválilo, o konkrétním využití rozhodne později.