
Objekt kostela je tvořen 21,5m dlouhým presbytářem s pětibokým závěrem a obdélným trojlodím halového typu. Na vnější fasádě presbytáře se nacházejí dvakrát odstupněné opěráky s armovaným nárožím, pultovými stříškami a završené kamennými sedlovými stříškami s vrcholící stříškou. Na jižní straně přiléhají k presbytáři tři později vybudované přízemní středověké místnosti s gotickou křížovou klenbou sloužící původně jako předsíně bočních vstupů. V některých lomených oknech se dochovaly raně gotické kružby. Z původní klenby presbytáře tvořené dvěma šestidílnými poli a šestipaprskovým závěrem zůstaly po jejím sejmutí v 18. století zachovány jen gotické jednoduché či trojdílné svazkové přípory dělené talířky a příporové konzoly s reliéfním vegetativním dekorem. V presbytáři byly odkryty zachované gotické figurální fresky a renesanční pozůstatky výmalby lze nalézt i na klenebních polích chrámové lodi. V západním vstupním průčelí kostela se zachoval architektonicky cenný sloupkový odstupněný portál stojící mezi opěráky a tři vysoká lomená gotická okna s kružbami.
Síňové trojlodí má tři čtvercová pole hlavní lodi, zatímco obě boční lodě opatřené rovněž třemi klenebními poli jsou užší. Lomené okosené arkády tohoto trojlodí vyrůstají z mohutných osmibokých profilovaných pilířů s dvojicemi přidružených přípor, které tak vytváří architektonicky jedinečný gotický prostor. Žebra křížových kleneb mají klínovou profilaci s jednoduchým výžlabkem. V severovýchodní části trojlodí se dochovalo původní gotické šnekovité schodiště vedoucí dříve na věž kostela, které bylo před započetím rekonstrukce na úrovni druhého patra zazděno a nyní je opět otevřeno na půdu kostela.
V průběhu 13. století byly postaveny obvodové zdi, vstupní portál a triumfální oblouk. K zaklenutí interiéru však došlo až koncem 14. století, patrně pod vlivem hutě Petra Parléře. V letech 1513 a 1523 byl klášter poškozen požáry, po nichž byl opravován v renesančním slohu. V letech 1604–1625 byl klášter dočasně opuštěn. V roce 1781 se klášterní komunita přestěhovala do sousední jezuitské koleje, kostel byl odsvěcen a předán armádě. Ta komplex užívala jako kasárna a skladiště až do roku 1947. V interiéru se dochovala socha Piety, přičítaná Janu Štursovi, který v jihlavských kasárnách pobýval v roce 1915. Od roku 1947 získala kostel do pronájmu Československá církev husitská. V roce 2005 kostel koupilo město Jihlava a zahájilo rozsáhlou rekonstrukci, jejímž cílem je odstranit necitlivé úpravy z „armádního“ období a vrátit jej do jeho původní podoby. Po rekonstrukci by měl prostor sloužit zejména kulturním účelům..