
Kostel je přístupný při mších. Severní věž (63 m, ochoz ve výšce 40 m) slouží jako vyhlídková, a je přístupná v návštěvních hodinách nebo po domluvě v Turistickém informačním centru Jihlavy.
Okna jsou vysoká štíhlá lomená, rozdělená svislým prutem, s jednoduchými nebo propracovanými kružbami. Štěrbinová okna jsou ve schodišťových válcích, ve věžích a nad sakristií. V nejvyšším patře severní věže okna nahradily hodiny, patro je zakončeno roubenou nástavbou s ochozem, kde býval byt věžníka. Kostel je z lomového kamene, bez omítky. Kaple Bolestné Panny Marie je omítnutá, fasádu člení dvojice pilastrů s římsovými hlavicemi, nesoucí římsové kladí a průběžnou římsu. Kaple má dva portály s rozeklaným štítem a půlkruhová okna. Zdi kostela jsou zvnějšku osazeny náhrobníky z hřbitova, který pův. kostel obklopoval (osazeny v l. 1905-06; náhrobníky Unverdobenů a další ze 16. – 18. stol.). Do kostela se vstupuje ústupkovým portálem. V koutech portálu jsou sloupky se spojenými talířovými patkami a hladkými kalichovými hlavicemi s prstencem, nesoucími odstupněnou oblamovanou římsu, na kterou dosedá lomená archivolta tvořená oblouny, výžlabky a pruty profilu s hladkým tympanonem. Další tři portály, jednodužší, s půlkruhovou archivoltou, jsou v sakristii, severní zdi sev. lodi (hlavice s reliéfními listy a plody vinné révy) a jižní zdi jižní lodi. Presbytář je zaklenut dvěma poli křížové žebrové klenby a paprsčitým závěrem. Žebra s vyžlabeným klínem se setkávají v hladkých kruhových svornících, dosedají na krycí desky kalichových hlavic na jednoduchých i svazkových příporách. Stěny presbytáře zdobí malby s výjevy ze života sv. Bernarda (1898) od Karla Brachtela a Karla Jobsta. V jižní zdi kněžiště je lomený portál s kamenným ostěním, vedoucí do sakristie, zaklenuté dvěma poli křížové žebrové klenby s kruhovými hladkými svorníky a jehlancovými konzolami v koutech. V severní zdi sakristie je pozdně gotický trezor s kovanými plášťovými dvířky a kamenným ostěním. Depozitář v patře sakristie je zaklenut dvěma poli křížové žebrové klenby, s kruhovými svorníky zdobenými mělkou rozetou. Presbytář spojuje s hlavní lodí lomený triumfální oblouk, sálové trojlodí kostela je zaklenuto žebrovými klenbami na polygonálních pilířích, v hlavní lodi s římsou, v severní a jižní lodi s jehlancovými konzolami. Žebra s vyžlabeným klínem se sbíhají v kruhových svornících. Vstup do barokní kaple Bolestné Panny Marie je bohatě zdobeným portálem s pilastry s hermovkami, s andílky na bočních volutách segmentového oblouku a u středové kartuše s mariánským monogramem. Vchod je chráněn umně tepanou mříží. Nad dvoukřídlou branou je kartuš se znaky strahovského kláštera a jeho opata. Kaple je zaklenuta lomenou kopulí s lunetami, zakončena polygonální lucernou. Stěny člení pilastry s hlavicemi, nesoucími průběžné římsové kladí. Kaple má bohatou štukovou výzdobu (autorem Giacomo Antonio Corbellini), kopuli zdobí také malby. Hlavní oltář kostela je z roku 1777 se sochařskou výzdobou Václava Kovandy, s monumentálním obrazem Stětí sv. Jakuba od Johanna Nepomuka Steinera z r. 1763. U vítězného oblouku stojí protějškové retabulové oltáře z poloviny 18. století se sochařskou výzdobou od V. Kovandy. Oltář sv. Jana Nepomuckého (retabul) zdobí obraz světce od Václava Jindřicha Noska, v retabulu protějšího oltáře je obraz Obláčka sv. Norberta od Michala Václava Halbaxe, oba obrazy jsou z období kolem roku 1705. V kapli Bolestné Panny Marie je retabulový oltář z 30. let 18. století, ve středové nice s Pietou z 2. pol. 14. stol., kaple dále zdobena sochami svatých na konzolách a v nikách a autorsky odlišná dvojice horníků, snad z let 1741-49. Ve východním závěru jižní lodi je oltář sv. Anny z konce 17. století se sousoším sv. Anny vyučující Pannu Marii ve střední nice, zdobený mj. v retabulu pozdně gotickými dřevořezbami. V severní boční kapli je oltář sv. Uršuly z 2. pol. 17. stol. a rokokový retabulový oltář. Barokní kazatelna s kamennou pozdně gotickou podnoží, s gotickým točitým schodištěm, bohatě barokně zdobená (andílci, na vrcholu stříšky socha sv. Norberta). Zlacenou, pozdně renesanční křtitelnici kalichovitého tvaru vyrobil norimberský zlatník Hans Hirtz r. 1599. Křitelnice je vyrobena z měděného tepaného plechu na železné konstrukci, s litými bronzovými prstenci a hermovkami, s tepanými a litými reliéfy a obrazy (biblické motivy, na víku alegorie, se znakem význ, měšťana Jakuba Seidenmelzera ze Seidenberku). H. Hirtz byl pravděpodobně autorem kovotepeckých částí a základ vytvořil vytvořil někdo jiný. V kostele jsou dvoje barokní varhany od Václava Potůčka: velké na hudební kruchtě jsou z roku 1740, jejich skříň zdobí velké a malé figury andělů, hrajících na hudební nástroje a kartuš se znakem Kristýny Marie Josefy Goskové roz. Steinové. Malé varhany v balustrovém parapetu kruchty v kapli Bolestné Panny Marie jsou z roku 1728, skříň zdobena akantovým motivem, s postavou anděla hrajícího na tympány. V interiéru kostela jsou volně umístěny gotické sochy – dřevěná socha Madony s Ježíškem (kolem r. 1370), kamenná socha sv. Kateřiny, řadící se do okruhu krásných českých madon – vrcholné dílo tzv. krásného slohu (kolem r. 1400), kamenné sousoší Olivetské hory (80. léta 15. stol.), dřevěná postava sv. Jakuba Většího (konec 15. stol.) a trůnící Bůh Otec z výjevu korunování Panny Marie (z počátku 16. stol.). Mezi cenná díla patří i kostelní obrazy, např. obraz Navštívení Panny Marie (1712) nebo pův. oltářní obraz Zvěstování Panny Marie (pol. 18. stol.)..
základů věží atp. Někdy před rokem 1256 kostel vyhořel, při opravách bylo vybudováno (nebo jen prodlouženo) kněžiště se sakristií. Roku 1257 byl slavnostně vysvěcen olomouckým biskupem Brunem ze Schauenburku na farní kostel. Kostel však byl dokončován ještě dalších pár let, jak lze usoudit z listiny z r. 1295 (v níž se píše o možnosti získání odpustku přispěním na stavbu či výzdobu kostela). Poč. 14. stol. byla dokončena stavba severní věže (63 m). V 80. letech 14. století byly vybudovány pilíře trojlodí, které bylo poté zaklenuto a byla vestavěna hudební kruchta, také byla předsazena předsíň a byla vystavěna šneková schodiště. Přibližně počátkem 15. století byla postavena jižní věž, která musela být brzy nato o celých 9 m snížena, neboť se díky nestabilnímu podloží začala naklánět. Údajně v letech 1425-36 bylo postaveno zvonicové patro jižní věže, do kterého byl r. 1563 zavěšen zvon Zuzana, druhý největší zvon na Moravě (vysoký 1,82 m, váží 7 086 Kg). Na přelomu 15. a 16. století byl v sakristii vybudován mohutný, pozdně gotický trezor a vstup do sakristie byl opatřen novým portálem. V letech 1509 a 1513 byly přistavěny severní kaple, jižní boční chór byl rozdělen klenbou na kapli v přízemí a oratoř v patře. Při požáru roku 1523 se zřítila klenba východní kaple severní lodi, která byla nahrazena novou a současně byla také zvýšena severní věž. Roku 1561 se objevuje zmínka o věžníkovi, který na věži bydlel. Funkce věžníka byla zrušena až roku 1924. Roku 1632 byl kostel obnoven. Při opevňování města (od r. 1645) byla stržena kaple sv. Václava za kostelem. Asi v 2. polovině 16. stol. byla do severní lodi vestavěna tribuna. Roku 1702 byla přistavěna osmiboká kaple Bolestné Panny Marie (v 30. letech 18. stol. vstup orámován portikem s mříží), počátkem 18. století bylo také stavebně upraveno západní průčelí kostela (portál, štít nad středním rizalitem). Kostel byl původně obklopen hřbitovem, který byl zrušen roku 1784; několik náhrobníků ze zrušeného hřbitova bylo vsazeno do obvodových zdí kostela. Roku 1819 byla zbořena hřbitovní zeď. V letech 1898-1900 byl kostel novogoticky puristicky upraven (projekt Richard Völkel) – byla zbořena tribuna v severní lodi a hudební kruchta byla upravena do dnešní podoby, kostel byl nově vymalován. Na stěnách kněžiště malby z r. 1898 – výjevy ze života sv. Bernarda od Karla Brachtela a Karla Jobsta. V letech 1905-06 byla ze středověkých zdí odstraněna omítka a zdivo bylo vyspárováno. V letech 1922-24 byly obě věže kostela staticky zabezpečeny, r. 1987 byla zalíčena novogotická výmalba trojlodí. Kostel má bohatou, převážně barokní výzdobu interiéru (obrazy, sochy, fresky), jejíž součástí je mimo jiné jedinečná Pieta z 2. pol.14. století, pozdně gotické plastiky sv. Jakuba a Boha otce (připisovány jihlavské řezbářské dílně) či tepaná zlacená renesanční křtitelnice (1599, norimberský zlatník Hans Hirt)..
Jeho bratrem byl apoštol a evangelista Jan. Bratři pocházeli z rybářské rodiny (tetou jejich matky Salome byla Panna Marie), žijící v Betsaidě u Genezaretského jezera v Palestině. Ježíš Kristus je povolal, když společně s otcem Zebedeem na lodi spravovali sítě. Bratři nechali všeho a následovali Krista (předpokládá se, že odešli po zázračném rybolovu; zdůrazňuje se pohotovost opustit „loď“ lidských jistot a následovat Krista). Pro jejich temperamentní povahu jim dal Ježíš Kristus přezdívku „Boanerghés“ – „Synové hromu“. Jednou, když jim byl při putování do Jeruzaléma odmítnut v jisté samařské vesnici nocleh, chtěli na ní hned svolat oheň z nebe. Měli za to, že po odmítnutí by měl bez prodlení následovat trest. Ježíš byl však proti násilí, a bratry za jejich nápad přísně pokáral. Jakub s Janem patřili ke Kristovým privilegovaným učedníkům, kteří byli povoláváni k významným intimním událostem (vzkříšení dcery Jairovy, Proměnění Páně na hoře Tábor, povolání do Ježíšovy blízkosti v Getsemanské zahradě; kde se úzkostí potil krví atp.). Po Ježíšově Nanebevstoupení hlásal Jakub evangelium. Je zcela zřejmé, že Jakub se těšil velké autoritě uvnitř prvotní církve v Jeruzalémě a podílel se na jejím budování. Podle jedné tradice putoval Jakub po Španělsku, které bylo důležitým regionem Římské říše, a hlásal zde evangelium (zobrazován jako poutník s holí). Legenda vypráví, že se zde jeho misijní snahy nesetkaly s úspěchem – byl odmítán a podařilo se mu získat jen 8 učedníků. Chtěl svoje misijní snahy vzdát a vrátit se do Palestiny. Ještě před svým odchodem se sešel se svými učedníky, když zažil zjevení Panny Marie: Za temné mrazivé noci se po nebi rozlila záře, a spatřil i se skupinou svých učedníků jak se k nim snášejí andělé, kteří nesli jaspisový sloup (pilar) s Pannou Marií. Poté, co andělé postavil sloup na zem, Panna Maria promluvila k Jakubovi: „Synu, to místo je určeno k tomu, abych zde byla uctívána. Díky tobě zde povstane na mou památku kostel. U tohoto sloupu postavíš oltář. Na tomto místě vykoná na mou přímluvu moc Nejvyššího neobyčejná znamení a zázraky zvláště pro ty, kteří mě zde budou vzývat ve svých potřebách. Tento sloup zde bude stát až do konce věků.“ Svatý Jakub na určeném místě v Zaragoze vybudoval kapli Santa Capilla, která se později stala součástí Baziliky Panny Marie na Sloupu. Madona del Pilar nebo Madona ze Zaragozy se stala patronkou celého Španělska, a její chrám patří mezi nejslavnější mariánská poutní místa. Podle jiné tradice působil sv. Jakub v Jeruzalémě a Samařsku. O jeho působení nejsou spolehlivé záznamy - ty hovoří až o tom, že roku 43 nebo 44 byl v období kolem velikonoc zatčen v Jeruzalémě vojáky Heroda Agrippy I. (vnuka nechvalně známého Heroda Velkého), a na příkaz krále sťat mečem. Zahynul mučednickou smrtí jako první z dvanácti apoštolů. Přijal svou násilnou smrt pokorně a svůj život obětoval pro pravdu, kterou hlásal. V souvislosti s jeho popravou vypráví legenda o farizejovi Josiášovi, který při zatýkání Jakubovi ještě hodil sám kolem krku provaz. Při doprovázení Jakuba na jeho cestě k popravišti se Josiáš obrátil na víru poté, co zažil, jak Jakub zázračně uzdravil ve jménu Ježíše Krista muže nemocného dnou, který nemohl chodit a prosil Jakuba o pomoc. Sv. Jakub pravil: „Ve jménu mého Pána Ježíše Krista, vstaň zdráv a chval svého Spasitele“, muž poté uzdraven vstal a mohl chodit. Josiáš prosil na popravišti Jakuba o odpuštění a vyznal se zde z víry v Ježíše Krista. Dostal od Jakuba políbení pokoje, načež byli oba sťati. Sv. Jakub byl nejprve pohřben v Jeruzalémě, ale jeho ostatky byly později přeneseny do Španělska třemi mnichy, patrně z důvodu ochrany před Mohamedány, nejprve do Zaragozy, a poté, co byla r. 714 dobyta Maury byly ostatky přeneseny k Irii Flavii v Galicii. Zde na nějaký čas dokonce upadly v zapomnění, ale později (r. 813) si mramorové hrobky všiml poustevník Pelayo, údajně podle třpytu hvězd. Tehdejší král Alfons Cudný nechal nad hrobkou vystavět r. 816 chrám sv. Jakuba a začalo se zde pomalu rozrůstat město Santiago de Compostella. Existuje ale i legenda, popisující jak ostatky sv. Jakuba přenesli tři andělé do paláce pohanky Lupy ve Španělsku poté, co se stala křesťankou (nebo že po smrti sv. Jakuba jeho učedníci vložili jeho tělo do loďky, aby nebylo zneuctěno, a tu vypustili na moře – andělé ji potom bezpečně dovedli až ke břehům Španělska, kde byla nalezena, ostatky byly s patřičnou úctou uloženy do hrobu a nad tím poté vystavěn chrám Santiago de Compostella). Katedrála Santiago de Compostella ve stejnojmenném městě je po celém světě vyhlášeným poutním místem. Původní chrám sv. Jakuba byl při nájezdu Maurů r. 997 zničen, král Alfons III. dal poté vystavět na jeho původním místě v letech 1075-1150 trojlodní katedrálu; ostatky sv. Jakuba byly uloženy ve stříbrné rakvi v chrámové kryptě. Papež Alexander III. udělil Santiagu de Compostella titul Svatého města (který má Jeruzalém a Řím). Roku 2012 byl do katedrály sv. Víta v Praze přivezen zub sv. Jakuba a další dva fragmenty z jeho uctívaných pozůstatků. Další legendy vypráví že se sv. Jakub zjevoval křesťanským rytířům, kteří bojovali proti Maurům za nezávislost Španělska, jedna popisuje jak se zázračně objevil během bitvy u Clavija. Proto je také sv. Jakub nazýván Matamoros (Maurobijec). Další legenda se týká Svatojakubské mušle – vypráví loď, která přivezla do Španělska ostatky sv. Jakuba, stála v přístavu a z hvězd dopadal na jeho ostatky podivuhodný třpyt. To tolik polekalo koně jednoho portugalského rytíře, že skočil do vody i s rytířem, sedím mu na hřbetě. Rytíř byl však naštěstí zachráněn, jen po vytažení na palubu všichni s úžasem patřili na jeho tělo, celé pokryté svatojakubskými mušlemi. Existují i další legendy, popisující zázračnou záchranu lidí díky sv. Jakubovi. Svátek sv. Jakuba se slaví 25. července. Sv. Jakub Starší je patronem poutníků, Španělska, bojovníků, dělníků, horníků, kloboučníků, lékárníků, je vzýván za dobré počasí a na ochranu před revmatismem. Mezi jeho atributy patří: kniha / svitek evangelia, poutnická hůl s mušlí hřebenatkou („Svatojakubská mušle“), bývá zobrazován jako apoštol s knihou (svitkem), jako poutník s holí, poutnickým kloboukem a brašnou nebo jako rytíř Maurobijec. Dalšími jeho atributy jsou meč a kůň..