
Minorité přišli do nově založeného královského města Jihlavy zřejmě hned při jeho lokaci ve 40. letech 13. století. Jejich areál byl vytýčen v jihozápadní části města poblíž brány, která časem získala jméno po klášterním kostele (viz heslo). Poprvé je klášter písemně doložen k roku 1257.
Nejstarší dochovanou částí kláštera je basilika, netradičně orientovaná k jihu. Představuje jednu z prvních gotických staveb na našem území. Stavba je kladena do období 1245–60, nese typické znaky soudobých mendikantských kostelů, zejména extrémně dlouhý presbytář. Nad křížením hlavní lodi a transeptu je vztyčena chórová věžice s kamennou helmicí. U kostela se původně nacházel hřbitov.
Budovy konventu mezi kostelem a městskou hradbou byly zřejmě původně dřevěné, kamenná výstavba se předpokládá od poslední čtvrtiny 13. století.
Klášter poškodily četné požáry města, první roku 1353. Obnova pak probíhala po několik desetiletí, odkazy na ni jsou doloženy i v průběhu husitských válek.
V noci z 19. na 20. února 1402 řeholníci zachránili svou bdělostí město před přepadením hordami, financovanými okolními šlechtici (Zikmund Křižanovský z Rokštejna, Jan Sokol z Lamberka a další). Událost zachycuje pozoruhodně realistická malba v kněžišti klášterního chrámu.
Jihlava zachovala v husitské době věrnost králi Zikmundovi, klášter tak nerušeně fungoval a stal se útočištěm bratří z jiných konventů. Roku 1436 se stal místem jednání o kompaktátech.
Roku 1520 v klášteře započala vzpoura městské obce proti radě. Nepokoje trvaly do roku 1524, během této relativně krátké doby se zásadně změnilo postavení konventu ve městě: většina obyvatel konvertovala k luterství a minorité se stávali terčem útoků na veřejných místech. Neutěšená situace vedla dokonce k úvahám o opuštění kláštera a jeho pronájem městu. To však chtělo komplex koupit (a tím zřejmě nadobro zabránit možnosti návratu řádu). V době nejhlubšího úpadku přežívali v konventu pouze dva mniši. Koncem 16. století nahradily zaniklý hřbitov u vstupní části kostela nové domy, jeho hlavní průčelí se tak stalo součástí uliční fronty.
Po Bílé hoře se minorité zapojili do rekatolizace města, postupně se jim dařilo obnovovat zřejmě zchátralé klášterní budovy. Stavitel Jacop Brascha prováděl v letech 1664–65 raně barokní úpravy, na které navázala přestavba konventu v letech 1730–36. Posledním velkým stavebním zásahem bylo zřízení nového severního (hlavního) průčelí kostela roku 1756.
Klášter přečkal josefinské reformy, minorité působili v Jihlavě až do násilného rozehnání mužských řádů komunistickou Státní bezpečností roku 1950. Kostel nadále fungoval jako farní (od roku 1784), v konventu sídlily různé vzdělávací instituce. Po roce 1990 zde fungovala Rodinná škola u Matky Boží. Ta se postupně přesunula do vhodnějších prostor, areál kláštera byl v restitucích navrácen minoritskému řádu.