
Po požáru původního pivovaru v Těchlovicích r. 1698 nechal hrabě Maxmilián Thun vystavět v Podmoklech nový pivovar. Pivo se zde vařilo již v r. 1703, ačkoli pivovar byl dokončen r. 1707. Před pivovarskou budovou stály sochy sv. Jana Nepomuckého a sv. Floriána.
Jižně od pivovaru byl založen Pivovarský rybník (r. 1731; zrušen) a severně od pivovaru našel místo lovecký dvůr (dnes se před ním nachází právě socha sv. Floriána).
Pivovar neměl zdroj kvalitní vody na vaření piva (používána voda z řeky Labe), což se odráželo v jakosti piva. Kvůli výstavbě železnice do Drážďan byl starý pivovar stržen i s pivovarskou hospodou a ihned začal vyrůstat nový, který stál stranou Podmokel. Pivovar dal postavit František Antonín hrabě Thun, architekty stavby byli F. J. Perthen, K. Heidenreich, vnitřní zařízení dodala firma F. Ringhoffer. Pivovar byl budován postupně od roku 1849. Později byl několikrát rozšířen a stavebně upraven – v letech 1860 a 1901–1903. Roku 1897 byla vybudována parní varna. Z doby secesních úprav pochází znak Františka hraběte Thuna na průčelí hlavní budovy.
Protože Thunové pivovar pronajímali, byla založena pivovarská společnost, která nakonec roku 1926 pivovar koupila.
Názvy piv měly spojitost s labsko-oderskou plavbou (Admirál, Kormorán, Kapitán, Pijavec, Bukanýr, Mlask atp.). Labsko-oderská plavební společnost totiž pivovaru prodala lodní parní kotel, který sloužil ve výrobě. Podmokelské pivo bylo oblíbené, v 2. polovině 20. století se sortiment pivovaru rozšířil. Pro pivovar byla typická těžší nasládlá piva sytější barvy.
Roku 1993 byl podnik v dražbě prodán do soukromého vlastnictví a roku 1995 byla zastavena výroba. Roku 1996 byl pivovar zapsán mezi chráněné památky ČR.
Roku 2001 byl celý komplex budov prodán společnosti, která jej začala přestavovat (prodejny, kanceláře). Roku 2007 pivovar koupila společnost Centrum Pivovar a. s. (současný vlastník), která v roce 2012 zahájila jeho přestavbu na obchodní centrum (multifunkční komplex). Součástí nákupního centra je i restaurace s minipivovarem.