
Na místě městského děkanského kostela, lze předpokládat nejstarší sakrální stavbu na území města Chomutova. Kolem městského kostela býval hřbitov který byl po skončení husitských válek přeložen za hradby města. Nejstarší zachovanou částí kostela je sakristie a zdivo presbytáře, pocházející z konce 13. a 2 pol. 14. století. Výstavba kostela byla podmíněna husitskými válkami a požárem o sto let později, v roce 1525. V některých zdrojích je uváděno zahájení stavby rokem 1516. Prvním stavitelem byl Josef Schreml, doložený na sjezdu kameníků v Annaberku, zaklenutí lodi je datováno na svorníku s iniciálami H. I. 1539 (Jakub Hanse). Jižní tribuna, již čistě renesanční, byla přistavena roku 1585. Při požáru roku 1598 byla narušena klenba prasbyteria a jeho nové zaklenutí bylo provedeno roku 1625. Při opravě počátkem dvacátého století získal kostel dnešní pseudorenesanční podobu.
Na jižní straně kostela byla přistavena kolem roku 1525 městská věž. Nad vstupním obloukem městské věže je umístěn heraldický sloupek se třemi štíty nad sebou, datovaný rokem 1542. Dva z nich nesou ještě gotické tvarosloví, třetí je již renesanční. První erb patří řádu německých rytířů, druhý je kombinovaný. Polovičku erbu tvoří erb Caltů z Kamenné Hory, druhou dvouocasý český lev, připomínka městského znaku, který Chomutov dostal od krále Ladislava. Třetí erb je pánů z Veitmile.