
Jedna z nejznámějších českých přírodních chráněných lokalit se nachází na úpatí hory Boubín v nadmořské výšce 920–1110 metrů. Přístup je z parkoviště u Idiny pily (informační středisko) nedaleko Zátoně u Lenory po zelené značce asi 1,5 km. Poblíž je i železniční stanice. Okolo nejcennější části pralesa (chráněné od roku 1858) vede naučná stezka dlouhá 3 km, která má 9 zastavení a začíná u Boubínského jezírka.
1933. V roce 1958 potom došlo k rozšíření o dalších 620 ha okolních porostů (včetně lesa na vrcholu Boubína), čímž se rozloha vyšplhala na současných 666,6 ha. V letech 1874–1947 byl prales součástí obory. Dřevinnou základnu v Boubínském pralese tvoří především smrk (53%), buk a jedle. Nejstarší exempláře mnohdy velice bizardních tvarů jsou staré i více jak 400 let. Prales je domovem mnoha vzácných druhů rostlin a živočichů. V roce 1963 byl kvůli lepší ochraně hlavně před návštěvníky oplocen dřevěným plotem, od roku 1979 vede kolem naučná stezka, která podrobně seznamuje návštěvníky se všemi informacemi. Boubínské jezírko, u kterého stezka začíná, je umělá vodní nádrž (0,37 ha) postavená v roce 1836 na Kaplickém potoce, které se využívalo jako zásobárna vody při plavení dřeva do lenorských skláren. Vedle historických a přírodních hodnot má Boubínský prales také význam pro odbornou veřejnost, neboť ukazuje původní podobu šumavských lesů. Patří k nejcennějším rezervacím pralesovitého typu ve střední Evropě. Asi 3 km na severovýchod se nachází Milešický prales, který částečně obchází červená značka z Boubína na Bobín a do Volar..