
Synagoga má klasickou dispozici i orientaci. Svatostánek byl umístněn na východě, sestupovalo se do ní po několika schodech, aby byl naplněn žalm "Z hlubin volám Tě, Pane". V průčelí byly zazděny obvyklé kamenné desky desatera. Hlavní sál pro muže měl původně řečniště (bimu) umístěno uprostřed, sedadla (která si muži platili) byla po obvodu. Ženy měly galerii se speciálním vchodem. Po přestavbě byl předčítací pult (amud) před svatostánkem (aron ha - kodeš). Humpolecká náboženská obec vlastnila tři Tóry a vzácné stříbrné obřadní náčiní. Výzdoba synagogy byla tradičně prostá, tvořená pouze nápisy z Tóry a ornamentální výmalbou.
Na západní straně k ní přiléhala židovská škola, ve které se začalo vyučovat v roce 1862. Rovněž zde byl byt rabína a rituální lázeň mikve. Roku 1886 postihl židovské město požár, tehdy vyhořela i synagoga. Obnovena byla na původním půdorysu do současné podoby. Roku 1892 byla na východní straně přistavěna apsida pro zpěvácký spolek Šir Zion. Drobné úpravy proběhly ještě ve 20. letech 20. století. Po odsunu Židů za II. světové války byla budova zpustošena, byla vytlučena okna, vytrhány podlahy, nábytek zmizel. Veškeré cenné vybavení bylo odvezeno do Prahy (dnes je součástí sbírek Židovského muzea). V budově byly zřízeny dílny, z hlavního sálu se stalo skladiště. Nějakou dobu byl v budově ustájen dobytek. V roce 1952 koupila synagogu Církev československá husitská v Humpolci. V květnu 1961, po dlouholetých úpravách, zde otevřela svoji modlitebnu. V letech 1987–1989 proběhla celková oprava exteriéru i interiéru, při které byly v hlavním sále odkryty fragmenty původních maleb i hebrejských nápisů..
Ghetto na Zichpili se nacházelo na jižním okraji městského jádra. Původně bylo tvořeno asi třiceti domy, s malým náměstím a několika uličkami. Severovýchodní část ghetta byla zbořena, ale většina domů je v přestavbách dochována. V roce 1719 je v Humpolci rovněž uváděn i židovský hřbitov a modlitebna v soukromém bytě. Humpolecká židovská náboženská obec byla ustanovena pravděpodobně až v prvé polovině 18. století. Roku 1787 zde žilo 24 rodin, v roce 1850 61 rodin čítajících 280 osob. Největší židovská komunita v Humpolci byla roku 1890, kdy se k židovskému vyznání přihlásilo 324 osob. Na počátku 30. let 20. století zde bylo 89 Židů. Náboženská obec zanikla za II. světové války a již nebyla obnovena. Ze zdejší židovské komunity pochází dědeček spisovatele Franze Kafky, dirigent Josef Stránský (1872–1936 New York), malíř a spisovatel Ernst Mandler (1886–1964 Francie). Na židovském hřbitově je pohřbena řada příbuzných skladatele Gustava Mahlera, který pochází z nedaleké vsi Kaliště..