
Do interiéru lze nahlídnout přes mříž ve vstupu.
Barokní přestavba kostela pochází z roku 1704. Při kostele se dochoval malý úsek středověkého městského opevnění s gotickým portálkem.
Po husitských válkách prošel kostel opravou, která byla dokončena v roce 1453 – tehdy tu byl pohřben srěmský biskup Bernard. Na přelomu 17. a 18. století byl kostel opraven (dostal např. barokní klenbu). Komenda pak byla poškozeny za prusko-rakouských válek v polovině 18. století. K rozsáhlým úpravám došlo až v druhé polovině 19. století. Komenda řádu patřila až do počátku 2. světové války. V dubnu 1945 byla budova komendy zničena a kostel těžce poškozen. Původní gotická komenda, vystavěná kolem poloviny 14. století, stávala zřejmě někde v prostoru Zděné ulice – vně opavských hradeb. Zděná ulice pak ustoupila v 17. století stavbě barokních hradeb. Tato gotická budova byla zřejmě na přelomu 14. a 15. století opuštěna a nová budova byla připojena z jihu k novému trojlodí kostela. I tento dům, stojící také vně hradeb, byl někdy v průběhu 16. století zbořen. Třetí komenda stávala na místě pozdější barokní (čtvrté) stavby, západně od kostela sv. Janů. Barokní komenda byla odstraněna po poškození ke konci 2. světové války. Samotný kostel byl postaven v letech 1350–1359, ke konci 14. století přistoupili johanité k výstavbě krátkého síňového trojlodí. Ve 30. letech 15. století byla k severozápadnímu boku přistavěna sakristie a také pokladnice s oltářem svatých Martina a Mikuláše v patře nad kaplí. O pár let později pak byla přistavěna k severozápadnímu boku předsíň. Počátkem 18. století proběhla barokizace interiéru, která se v podstatě dochovala až dodnes. V 1. polovině 19. století byl kostel znovu přestavěn – dostal např. klasicistní průčelí..