
Řeka Jihlava pramení na Českomoravské vrchovině na okraji louky v katastrálním území obce Jihlávka. Upravený a označený pramen leží mimo značené cesty. Na silnici z Jihlávky do Počátek je však ukazatel na polní cestu, po níž je to k prameni asi 300 metrů.
Poté teče zaříznutým údolím, kde je na ní vybudována vodní nádrž Dalešice jako zdroj vody pro jadernou elektrárnu Dukovany a pod ní vyrovnávací nádrž Mohelno. V Ivančicích řeka přibírá své dva největší přítoky. Zleva se do ní vlévá Oslava a zprava Rokytná. Pak vstupuje do Dyjsko-svrateckého úvalu, protéká Pohořelicemi a nakonec společně se Svratkou ústí do střední novomlýnské nádrže na Dyji. Před vybudováním Věstonické nádrže ústila Jihlava do Svratky, která se krátce poté vlévala do Dyje. Po vzdutí hladiny ústí Jihlava a Svratka do nádrže odděleně. Při nižší hladině v přehradní nádrži se ale objevuje původní delta. Tok řeky Jihlavy je dlouhý 184 km..