
Řeka Jizera má dva uznávané prameny na jihovýchodním úbočí hory Smrk v Jizerských horách. První pramen se nachází na českém území, je označen na skalním bloku a leží asi 200 metrů nad neznačenou Vidlicovou cestou. Druhý pramen není označen, leží na území Polska při červeně značené cestě, zvané Główny Szlak Sudecki, a je vzdálen asi 700 m od rozcestníku Przełȩcz Łącznik.
Poté se do ní zleva vlévá Mumlava od Harrachova. Jizera teče jihozápadním směrem do Semil, kde stáčí k severozápadu. Protéká malebným údolím s kamenitým řečištěm, které je mezi Semily a Spálovem chráněno jako přírodní rezervace Údolí Jizery, a pak přes Malou Skálu k Turnovu. Poté již teče otevřenou krajinou kolem Mladé Boleslavi a u obce Káraný se zprava vlévá do Labe. Tok Jizery je dlouhý asi 167 km..