
Kostnice stojí vedle kostela naproti vchodu do sakristie. Je to čtvercová budova, má klenuté dveře i okna. Na vrcholu plechové (původně šindelové) střechy je věžička se znakem lebky a dvouramenným křížem. Proti vchodu stojí malý oltář, v jehož spodní části jsou přihrádky s kostmi. Stěny po stranách jsou obloženy lidskými ostatky. Nad oknem, na nejvyšším místě, je umístněna nazelenalá lebka. Podle pověsti lebka z každého jiného místa přes noc spadla. Pověst to vysvětluje tím, že lebka patřila vysoce postavenému muži, který i po smrti vyžaduje místo nad ostatními ostatky.
Kronika uvádí, že zde probíhalo až šest pohřbů denně, celkem tu bylo během epidemie pohřbeno až sto osob. Hřbitov u kostela byl tak přeplněn, že mezi hroby nebyl dostatek místa na uličky a při cestě do kostela se musely některé hroby přeskakovat. Roku 1787 nastoupil ve Zdislavicích nový farář Jan Bonaventura Böhnisch, bývalý karmelitán z kláštera u sv. Havla v Praze. Ten se rozhodl plochu kolem kostela uvolnit. Nechal staré hroby likvidovat, kosti třídil, a část ukládal na novém hřbitově. Část kostí nechal Böhnisch očistit a provizorně je umístil do márnice. V roce 1810 započala výstavba nové kostnice, dokončena byla v roce 1812..