
Hráze Černého i Čertova jezera jsou veřejnosti přístupné po značených turistických cestách nejsnáze od železniční stanice Špičák, příp. ze sportovního areálu stejného názvu. Místa v rezervaci mimo značené cesty přístupná nejsou.
Les na nepřístupných místech se podobá pralesu. Na skalách nad Černým jezerem hnízdí kriticky ohrožený sokol stěhovavý, v širším okolí jezera pak další ohrožené druhy ptáků jako kulíšek nejmenší, sýc rousný nebo jeřábek lesní. Po celém území rezervace se pohybuje kriticky ohrožený tetřev hlušec. Černé jezero je jediným místem v ČR, kde roste kriticky ohrožená šídlatka jezerní. Z břehu však není pozorovatelná, neboť je to vodní rostlina, která pokrývá dno v hloubce 2–8 metrů. Podložní horniny jsou tu tvořeny muskoviticko-biotitickými svory s vložkami kvarcitů a kvarcitických svorů. Fauna je druhově chudá, ale je tu několik významných chladnomilných reliktů. Na kamenných sutích žije severský druh pavouka. Z obratlovců jsou tu především datlík tříprstý, tetřev hlušec, krkavec velký a kos horský. V oblasti Jezerní hory se často vyskytuje rys ostrovid. Černé jezero (Schwarzer See), největší a nejkrásnější ze šumavských jezer, leží pod severní stěnou Jezerní hory ve výši 1008 m n. m., má rozlohu 18,47 ha a dosahuje hloubky 39,8 m. Je odvodňováno Černým potokem do Úhlavy a dále do povodí Vltavy. V údolí Úhlavy byla v letech 1929-1930 vybudována údolní nádrž jako součást první přečerpávací elektrárny u nás. Čertovo jezero (Teufels See) leží na jihovýchodní straně Jezerní hory ve výši 1030 m n. m., má rozlohu 9,71 ha a maximální hloubku 36,5 m. Je odvodňováno Jezerním potokem do řeky Řezné (Regen) a jejím prostřednictvím do Dunaje. Jezerní hora tak představuje významné evropské rozvodí mezi Severním a Černým mořem..